تواجه بلدان افريقيا جماعات اسلامية مسلحة عدة مرتبطة احيانا فيما بينها, وابرزها حركة الشباب الصومالية وجماعة بوكو حرام في نيجيريا وتنظيم القاعدة في بلاد المغرب الاسلامي في مالي. - حركة الشباب الصومالية - في الصومال الغارقة في الفوضى والحرب الاهلية منذ سقوط نظام سياد بري في العام ,1991 انبثقت حركة الشباب من رحم انتفاضة على القوات الاثيوبية التي دخلت البلاد في 2006 بدعم من الولاياتالمتحدة للاطاحة باتحاد المحاكم الشرعية التي كانت تسيطر على العاصمة مقديشو. واضطرت حركة الشباب المرتبطة بتنظيم القاعدة للتخلي عن كامل معاقلها في وسط البلاد وجنوبها بعد ان طردتها من العاصمة في 2011 قوة الاتحاد الافريقي (اميصوم) بمساندة القوات الصومالية الحكومية. لكنها ما زالت تسيطر على مناطق ريفية واسعة ونجحت في الاونة الاخيرة في شن عمليات انتحارية ملفتة في العاصمة. وردا على التدخل العسكري الكيني الذي بدأ في اواخر 2011 في جنوبالصومال, يشن مقاتلو حركة الشباب هجمات على الساحل الكيني القريب من الصومال وحتى في قلب نيروبي. كما ارتكبوا اعتداءات في كمبالا انتقاما من مشاركة جنود اوغنديين في قوة اميصوم. - جماعة بوكو حرام - تشن بوكو حرام في نيجيريا اكبر بلدان افريقيا من حيث التعداد السكاني المقدر باكثر من 160 مليون نسمة, منذ العام 2009 تمردا مسلحا داميا في شمال شرق البلاد. كما قامت بهجمات في العاصمة الفدرالية ابوجا استهدفت خاصة مقر الاممالمتحدة. وتؤكد هذه الحركة التي نشأت في الشمال الفقير من البلاد انها تريد اقامة دولة اسلامية. ومنذ بداية 2014 وسعت تحركاتها المسلحة فبعد ان كانت تهاجم في بداياتها كنائس ومدارس ومراكز عسكرية باتت الان تستولي على بلدات باكملها قرب الحدود مع الكاميرون. وخلفت هجماتها وقمع الجيش النيجيري لها الاخذ في التراجع, اكثر من عشرة الاف قتيل. واصبحت بوكو حرام معروفة في العالم اجمع خاصة على اثر خطفها حوالى مئتي تلميذة نيجيرية في نيسان/ابريل 2014. واعلن زعيمها ابوبكر شيكاو في Bب/اغسطس اقامة "خلافة اسلامية" على غرار ما فعل تنظيم الدولة الاسلامية في العراق وسوريا. - تنظيم القاعدة في بلاد المغرب الاسلامي - اعلن تنظيم القاعدة في بلاد المغرب الاسلامي المنبثق عن الجماعة السلفية للدعوة والقتال الجزائرية السابقة, ولاءه للقاعدة ويمتلك منذ 2007 قواعد في شمال مالي شن منها هجمات وعمليات اختطاف غربيين في منطقة الساحل. وقد احتل تنظيم القاعدة في بلاد المغرب الاسلامي مع جماعتي التوحيد والجهاد في غرب افريقيا وانصار الدين مناطق شمال مالي لاشهر عدة في 2012 قبل ان تطرد هذه الحركات من هذه المنطقة على اثر تدخل عسكري للجيش الفرنسي المتحالف مع جيوش افريقية اعتبارا من كانون الثاني/يناير 2013. لكنها لجأت الى بلدان اخرى في منطقة الساحل جنوب الصحراء الكبرى منها جنوب ليبيا. ولا يزال تنظيم القاعدة في بلاد المغرب يشن بعض الهجمات مستهدفا بعثة الاممالمتحدة في مالي بشمال البلاد.