كشف تقرير المجلس الأعلى للحسابات عن الاختلالات التي تعرفها المندوبية السامية للتخطيط، خصوصا ما يتعلق بالمديريات الجهوية وبرمجة الميزانية وتدبير التعويضات. وأشار تقرير المجلس عن سنة 2012 الصادر حديثا، إلى وجود «نواقص على مستوى برمجة الميزانية وانعدام التعاقد بين المندوبية السامية للتخطيط ومديرياتها الجهوية»، موضحا أن الإدارة المركزية لمندوبية أحمد الحليمي "تعمل على رصد نفس الاعتمادات المالية من سنة إلى أخرى لفائدة المديريات الجهوية وذلك بطريقة ضمنية وتلقائية". واعتبر التقرير أن مساهمة الإدارة المركزية بالنسبة لبرمجة البحوث والدراسات "لا ترقى إلى المستوى المطلوب"، مشيرا أن المشروع التعاقدي لسنة 2004 "لم يتم إخراجه إلى حيز الوجود". من جهة أخرى، أشار قضاة مجلس جطو إلى "اعتماد المندوبية السامية لمقاييس متعددة وغير قانونية في مجال التعويضات عن التنقل"، موضحا أن " موظفي المديريات الجهوية يستفيدون من تعويضات عن التنقل رغم عدم مشاركتهم في العمليات الإحصائية الميدانية"، كما لاحظ "تعميم توزيع تعويضات التنقل لتشمل حتى الموظفين الذين لا يشاركون في البحوث الإحصائية". ونبه التقرير إلى أن النظام المعلوماتي المتعلق بتعويضات التنقل "مصمم على المقاس"، أي "بشكل يسمح، بل ييسر خرق المقتضيات القانونية في هذا المجال"، مبينا أنه "بعد إدخال المعطيات المتعلقة بالمهمة، يصدر النظام المعلوماتي بيان المبالغ المستحقة الذي يبين النسب اليومية المطبقة والمدة الزمنية التي لا تفوق 15 يوما كي لا يطبق التخفيض المنصوص عليه في القانون".