يتهم المجلس الوطني الانتقالي في ليبيا الجزائر بدعمها لنظام العقيد القذافي من خلال إرسال مرتزقة وعدة وعتاد. اتهامات تنفيها الجزائر التي تعتبر أن تعاملها مع الدول وليس مع الأنظمة. هذا الاتهام تؤكده تصريحات الناطق الرسمي باسم المجلس الوطني الانتقالي عبد الحفيظ غوقة الذي أكد أكثر من مرة- حسب موقع "فرنس 24 " - أن المجلس لديه "معلومات موثقة ومستندات تدين الجزائر، تفيد بأن "طائرات عسكرية تابعة إلى الطيران الجزائري قامت برحلات يومية إلى أربعة مطارات عسكرية منها مطار سبها ومعيتيقة وبنينة". وتساءل "ما الذي كانت تفعله تلك الطائرات في أوج وذروة الأحداث الليبية". في الفترة التي سبقت الحظر الجوي، أكد عبد الحفيظ غوقة "امتلاك المجلس لأسرى وقتلى من الجزائر ومن مختلف الدول العربية والمجاورة ". من جهتها، نفت الجزائر مرارا عبر وزارة الخارجية هذه الاتهامات، مؤكدة أن الجزائر تتعامل مع الدول وان المجلس الوطني الانتقالي لا يمثل إلا المنطقة الشرقية من ليبيا وليس كل الشعب الليبي، الذي لم يتح له التعبير رسميا وديمقراطيا عن رأيه من خلال الانتخابات و كان قد برأ قائد القيادة الأمريكية لإفريقيا (افريكوم) الجنرال كارتر هام الجزائر من هذه التهم. ويآخذ المجلس الوطني الانتقالي الليبي على الجزائر غموض موقفها وصمتها على ما يتعرض له الشعب الليبي على يد نظام القذافي. فيما تحاول الجزائر، التي تبارك الوساطة الإفريقية وترفض تدخل منظمة حلف شمال الأطلسي (الناتو) ، مراقبة الوضع خاصة وان لليبيا مع الجزائر حدودا برية تقارب 1000كلم.