أوصت هيئة الانصاف والمصالحة بمجموعة من التوصيات بشأن تأهيل العدالة وتقوية استقلاليتها، ونذكر منها على سبيل المثال: تعزيز المبدأ الدستوري من حيث فصل السلط، وخاصة فيما يتصل باستقلال العدالة والنظام الأساسي للقضاة، مع المنع الصريح لأي تدخل للسلطة التنفيذية في تنظيم العدالة وسير السلطة القضائية. * تقوية الضمانات الدستورية لاستقلال المجلس الأعلى للقضاء وجعل نظامه الأساسي يحدد بقانون تنظيمي يتم بمقتضاه مراجعة تشكيلته ووظيفته بما يضمن تمثيلية أطراف أخرى غير قضائية داخله، مع الإقرار له باستقلاله الذاتي بشريا وماليا، وتمكينه من سلطات واسعة في مجال تنظيم المهنة ووضع ضوابها وأخلاقياتها وتقييم عمل القضاة وتأديبهم وتخويله إعداد تقرير سنوي عن سير العدالة. فصل وظيفة وزير العدل عن المجلس الأعلى للقضاء. جعل المجلس الأعلى للقضاء بمقر المجلس الأعلى بالرباط. متابعة ترسيع وتيرة إصلاح القضاء والنهوض بمستواه مواصلة تحديث المحاكم. تحفيز القضاة وأعوان العدالة، وتكوينهم الأساسي والمستمر، والتقييم المنتظم لأدائهم. مواصلة مشاريع تنظيم مختلف المهن القضائية وجعلها قادرة على الضبط الذاتي لشؤونها من حيث الحقوق والواجبات والأخلاقيات. مراجعة تنظيم واختصاصات وزارة العدل بشكل يحول دون أي تدخل أو تأثير للجهاز الإداري في مجرى العدالة وسير المحاكمات. تجريم تدخل السلطة الإدارية في مجرى العدالة. تشديد العقوبات الجنائية في حق كل إخلال أو مساس بحرمة القضاء واستقلاله.