تصطدم مراجعة مادة التربية الإسلامية وتنقيحها من الأفكار المتطرفة (حسب تعبير المسؤولين) بعقبة تفسير آيات من القرآن الكريم درجت المقررات الدراسية وكتب التفسير على إعطائها معاني بعينها، كما هو الحال بالنسبة إلى آية "غير المغضوب عليهم ولا الضالين" في سورة الفاتحة. ففي الوقت الذي ظلت فيه التفسيرات الماضية تعتبر أن المقصود ب"المغضوب عليهم" و"الضالين" كل من اليهود والنصارى، اختار مؤلفو الكتاب المدرسي الجديد حل الإشكال الذي يطرحه هذا التفسير من خلال تركه، حيث تم تفسير جميع الآيات باستثناء الآية الأخيرة، وفق ما أوردته جريدة "أخبار اليوم" في عدد الخميس .