اقتحمت قوات الأمن السودانية موقع اعتصام السودانيين وسط العاصمة الخرطوم في ساعة مبكرة من صباح الاثنين 3 يونيو 2019، وسط طلقات نار فيما وصفه ناشطون بأنها محاولة لفض الاعتصام أمام مقر وزارة الدفاع. ونقلت وكالة رويترز عن شهود ومحطات تلفزيون عربية وقوع إطلاق نار كثيف في منطقة الاعتصام، في وقت أغلقت فيه قوات الأمن تغلق الشوارع وسط الخرطوم. وأكدت لجنة أطباء السودان المركزية أن قتيلين سقطا وأصيب العشرات بجروح خطيرة في محيط الاعتصام. فيما ناشدت اللجنة الأطباء والكوادر الطبية التوجه إلى ستة مستشفيات قرب ميدان الاعتصام. وأظهرت لقطات حية بثتها قناة الجزيرة النار وهي تشتعل في خيام المحتجين في الوقت الذي كان فيه محتجون آخرون يفرون من مكان الاعتصام. وفي أول بيان لتجمع المهنيين السودانيين، وهو الجماعة الرئيسية المنظمة للاحتجاج، قال في بيان «يقوم المجلس العسكري الانقلابي الآن بإبراز وجهه القمئ من خلال إحضاره قوات نظامية بعدد ضخم جدا لميدان الاعتصام للقيام بعملية فض ممنهج لاعتصامنا الباسل أمام القيادة العامة». وكان تجمع المهنيين قد أعلن خلال ساعات الفجر الأولى أن المجلس العسكري الانتقالي يحشد قوات لفض الاعتصام أمام مقر قيادة الجيش. كما أكد أن المعتصمين أمام قيادة الجيش «يتعرضون لمجزرة دموية في محاولة غادرة لفض الاعتصام». وحمّل التجمع، المجلس العسكري الانتقالي المسؤولية كاملة عما يحدث، ودعا إلى إعلان العصيان المدني الشامل لإسقاط المجلس، داعياً المواطنين إلى الخروج للشوارع وتسيير المواكب وإغلاق الشوارع والجسور والمنافذ. وكان قادة الاحتجاجات قد أكدوا في وقت سابق أن القادة العسكريين يفكرون في إشعال نيران العنف، ويخططون لفض الاعتصام أمام مقر قيادة الجيش بالقوة، بعد تأكيدات من الفريق أول محمد حمدان دقلو (حميدتي) نائب رئيس المجلس العسكري الانتقالي أن المجلس لن يسمح «بالفوضى». ويعتصم آلاف السودانيين، منذ ماي2019 أمام مقر قيادة الجيش في العاصمة الخرطوم، للضغط على المجلس العسكري لتسليم السلطة إلى المدنيين، في ظل مخاوف من التفاف الجيش على مطالب التغيير، كما حدث في دول أخرى، حسب محتجين. وعزلت قيادة الجيش، في 11 أبريل 2019 عمر البشير من الرئاسة، بعد ثلاثين عاماً في الحكم؛ تحت وطأة احتجاجات شعبية بدأت أواخر العام الماضي، تنديداً بتردي الأوضاع الاقتصادية.