تورط النظام الجزائري في مساعدة عناصر تنظيم القاعدة في العلاج داخل مستشفياته، وإجراء عمليات في المستشفيات الجزائرية في سرية، كما استفادوا من الأدوية الخاصة بالمرضى. وكشفت تحريات أنجزت في هذا المجال عن اختراق التنظيم الإرهابي لبعض المؤسسات الاستشفائية بالعاصمة، على غرار مستشفى مصطفى باشا ومستشفى باب الوادي القطار وعيسات إيدير، عن طريق علاقات شخصية تربط إرهابيين بعمال في هذه المؤسسات الاستشفائية. حيث يتم إعداد ملفات طبية لعناصر تنظيم القاعدة كما يتم نقل بعض القادة من الإرهابيين بتنظيم القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي إلى كل من المستشفيين الجامعيين بباب الوادي ومصطفى باشا بساحة أول ماي وسط العاصمة. وبهذا، تعرقل الجزائر الجهود الأوربية الرامية إلى محاربة الإرهاب في شمال إفريقيا، حيث طالبت وزارة الخارجية الجزائرية رسميا فرنسا بعدم التدخل في المغرب العربي لاقتلاع الإرهاب من جذوره، الذي يستقر على الخصوص في الجزائر التي تعتبر معقلا للإرهابيين. فلقد دعا وزير الخارجية الجزائرى، مردا مدلسى، فرنسا إلى عدم التدخل في مسألة مواجهة الإرهاب فى منطقة المغرب العربى، الذى تمثله "القاعدة فى بلاد المغرب الإسلامي". وكان الأنثروبولوجي البريطاني, جريمي كينان, قد أكد في وقت سابق أن التنظيم الإرهابي "القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي", يعد صنيعة جزائرية. وأشار جيريمي كينان, الأستاذ بجامعة لندن, إلى أن "تنظيم القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي في منطقة الساحل أنشئ سنة 2006 من قبل مصالح الاستخبارات والأمن الجزائريين". وأبرز الباحث البريطاني, صاحب كتاب "الصحراء المظلمة", أن "أمراء القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي في منطقة الساحل, مجرد عملاء لأجهزة الاستخبارات والأمن الجزائرية اخترقوا هذا التنظيم من أجل تنفيذ عملياتهم الإرهابية". وأشار إلى أن التنظيم الذي يقوم بعمليات إرهابية في منطقة الساحل "أضحى يشكل خطورة متزايدة".