هاجمت وزارة الداخلية بقوة موقف عبد الإله بنكيران، الأمين العام لحزب العدالة والتنمية، من أحداث 16 ماي الإرهابية حيث شكك في القضية وقال "إننا نشك في أنهم ربما كانوا يستهدفون بهذه الأحداث الحركة الإسلامية عموما وحزب العدالة والتنمية خصوصا"، واعتبرت الوزارة أن هذا الموقف يستصغر ذكاء المغاربة ولا يحترم مشاعرهم الوطنية، خاصة مشاعر أسر شهداء وضحايا هذا العمل الإرهابي إضافة إلى أنه يمارس نوعا من التشويش على الجهود المبذولة لمحاربة التطرف والإرهاب. وقال بيان للوزارة بهذا الشأن "إن الأحداث الإرهابية المفجعة التي عرفتها بلادنا في 16 ماي 2003 ، والتي كانت محط إدانة من طرف جميع مكونات الشعب المغربي ، أعقبها وبصفة مباشرة تجند تام لكافة المصالح الأمنية التي قامت بالتحريات اللازمة ، وباحترافية مشهود بها للوصول إلى مرتكبي تلك الأعمال الإرهابية وتقديمهم إلى العدالة التي أصدرت أحكامها ، وفق القانون، في حق الأشخاص المتورطين الذين تبثث مسؤوليتهم عن هذا الجرم الشنيع ، وأخلت سبيل من لم تثبت مسؤوليته في ذلك". وأشار البيان إلى أنه "وإذا كانت الدولة بكل مؤسساتها ومكوناتها قد قامت بواجبها في هذه القضية ، فإنه يتعين على الذين لا زالوا يطرحون شكوكا حول هذا الموضوع أن يتحملوا مسؤولياتهم كاملة أمام الرأي العام الوطني، وأن يختاروا موقعهم علانية وبكل وضوح عوض الترويج للشكوك، وأن ينخرطوا كليا في الإجماع الوطني الذي يدين الإرهاب بكل أشكاله، وكيفما كان موقع وصفة مرتكبيه". وربط مهتم بشؤون الحركات الإسلامية بين اختيار بنكيران الدفاع عن التيارات الإرهابية والضربة التى تلقاها حزبه بسبب تورط بعض أعضائه في قضايا أخلاقية وبسبب انسحاب واستقالة الكثير من مستشاريه وبالتالي اختار بنكيران مخاطبة القاعدة السلفية التي تضمها حركة التوحيد والإصلاح علها تعوض الحزب عن خسارة كتلة انتخابية مهمة. وبخصوص دفاع حزب يستفيد من كل مكتسبات الديمقراطية عن الارهابيين قال ادريس هاني، المتخصص في الحركة الاسلامية، "إن الخطاب الداخلي لهذه الحركة فيه الكثير من النزعات الاستئصالية والاصطفائية والتعبوية الساذجة. وفكرة الاعتدال الغامضة رغم أنها هي الأخرى أصبحت كوليشيه جديد في خطاب استهلاكي أنتجته تجارب الحركة الإسلامية الخارجية ، لا تعبر عن حقيقة ما يجري. إن التضخم في إيراد عنوان الديمقراطية والوسطية واستهلاكها وتمثلها لا يعني أن الحركة الإسلامية في المغرب استطاعت أن تغادر نزعتها الرجعية والاستئصالية والعنفية. هناك إكراهات تحول دون ممارسة العنف، الذي قد يمارس بأشكال من الخطاب المؤسس للعنف الرمزي الذي قد يتحول إلى عنف مادي متى توفرت معه الشروط الموضوعية لممارسة هذا العنف". وأضاف "كانت حادثة 16 ماي حدثا مفصليا بالنسبة للحركة. وخلال تلك الفترة كانت قيادات حاتم وزعيمها يعيشون أسعد لحظاتهم. لقد وضع هذا الحدث كل المكونات الحركية في وضعية سيئة للغاية. بينما المجموعة المذكورة وحدها من كان يحس بالنشوة ويستبشر بالكعكة. وحينئذ أبدت قيادات حاتم انطباعها داخل الحركة ، بأنه الآن فقط ستعود الأمور إلى وضعها الطبيعي داخل الحزب والحركة؛ أي بعد أن ظلت في الظل منزوعة النفوذ داخل الحركة. إن هناك خطأ كبيرا وقع فيه الكثير من المهتمين بهذه الظاهرة. إن قيادة المجموعة المذكورة بخلاف باقي المكونات أدركت أن 16 ماي هي لحظة استثمار ، وفرصة لعودة المهندسين الأوائل إلى السيطرة على مقدرات الحركة ؛ وهذا ما حدث تباعا".