سجل المجلس الأعلى للحسابات اختلالات متعددة في تسيير القرض الفلاحي للمغرب حددها في عشر مواضع؛وهي ليست من نوع الاختلالات التي يمكن أن تقع فيها أية مؤسسة،ولكنها اختلالات بنيوية تستدعي تغييرا جذريا لهياكل المؤسسة البنكية، وتبين" المعطيات المتعلقة بتنظيم القرض الفلاحي عدم استقرار هذا التنظيم، حيث تقوم الإدارة سنويا بإعادة تنظيم شامل لمختلف مرافق البنك كما يلاحظ اعتماد مذكرات مصلحة صادرة في فترة ما قبل سنة 2004 ، تاريخ تحويل القرض الفلاحي إلى شركة مساهمة، كذلك، لوحظ أن عددا من المسؤولين يمارسون منذ سنوات مهامهم دون أن يتوفروا على قرارات تعيين رسمية". ولاحظ المجلس الأعلى للحسابات" أن ديونا بمجموع يناهز مليار درهم مستحقة لزبناء من القطاع الفلاحي والفلاحي-الصناعي تم تصنيفها كديون سليمة رغم كون بعضها يعرف مشاكل تحصيل مما يجعلها تخضع لشروط إعادة التصنيف و الاحتياط المحددة من طرف بنك المغرب. وتجدر الإشارة إلى أنه من المقرر أن يتم تصنيف بعض الملفات كديون صعبة التحصيل خلال سنة 2008". و"لم يعمل القرض الفلاحي على تصنيف الديون المستحقة لفائدته أو رصد احتياطات لها إلا ابتداء من سنة 1998 ولوحظ أنه، بعد هذا التاريخ، لم يعمل البنك على تصنيف منظم للديون المستحقة التي توجد في وضعية صعبة بخصوص تحصيلها، لأن ذلك كان سيعني استنزافا كليا للأموال الذاتية. و قد بلغ حجم هذه الديون مستويات هامة ناهز 11 مليار درهم. ويعزى ذلك إلى الصعوبات الهيكلية للقطاع الفلاحي التقليدي و توالي سنوات الجفاف وعدم تتبع و استخلاص الديون المستحقة". ولاحظ المجلس الأعلى للحسابات "عدم خضوع مراقبة نظام تدبير المخاطر بالقرض الفلاحي للمواصفات التي حددها بنك المغرب، حيث سجل غياب سياسة عامة منظمة ومنسقة لتدبير المخاطر و افتقار البنك للموارد البشرية المتخصصة في الميدان والكفيلة بالعمل بنظام تدبير عام للمخاطر ". وتعرف" أنشطة المؤسسة المتعلقة بمنح القروض بعض الخروقات مثل تمويل مشاريع لأشخاص لا يستجيبون للشروط اللازمة، و غياب بعض الوثائق الأساسية المكونة لملف طلبات القروض أو عدم مطابقتها لما هو منصوص عليه، و تجاوز السقف المحدد للقروض، وعدم تتبع ملفات منح القروض من أجل التحصيل، و غياب الإشراف وعدم مراقبة عمل الوكالات التابعة للمؤسسة". و شكل نظام المعلومات لدى القرض الفلاحي إحدى نقاط الضعف في المؤسسة، حيث لم يكن يستجيب للتطور الذي عرفته أنشطته، كما لم يساير التطورات المؤسساتية و القانونية و التكنولوجية و التنافسية للنشاط المالي و البنكي بالمغرب. وقد" أسفر تحليل المعطيات المتعلقة بأجور مستخدمي القرض الفلاحي عن وجود فوارق هامة بين المستخدمين المتعاقد معهم و النظاميين، حيث يتقاضى المستخدمون المتعاقد معهم أجورا أعلى بكثير من تلك التي كانوا سيحصلون عليها لو تم توظيفهم وفقا للنظام الأساسي للمستخدمين بالبنك، دون أن يكون ذلك معززا بمراقبة لمردوديتهم في المهام المنوطة إليهم. بالإضافة إلى ذلك، يتم التوظيف بصفة تعاقدية أكثر فأكثر بواسطة ما يطلق عليه » رسالة التزام « التي لا تبين واجبات أو حقوق الأطراف المتعاقدة. و يمكن، كذلك، أن يتخذ شكل عقد يسمى » تأجير الخدمات« ، مع العلم أن إنجاز الخدمات موضوع هذه العقود لا يكون دائما مراقبا أو محققا. كما يلاحظ أن بعض مستخدمي البنك وضعوا رهن إشارة بعض المؤسسات أو تم توظيفهم من قبل البنك خصيصا لشغل مناصب بمؤسسات أخرى. و رغم ذلك، لازال القرض الفلاحي يتحمل كل أجورهم".