كشفت وثائق عسكرية أمريكية سرّبها موقع (ويكيليكس) عن تفاصيل جديدة حول مكان وجود قيادة تنظيم القاعدة في 11 سبتمبر 2001 يوم تنفيذ الهجمات في الولاياتالمتحدة، وتحركاتها بعدها. ونقلت صحيفة "واشنطن بوست" الأمريكية عن الوثائق أنّ قياديي القاعدة كانوا متمركزين في مدينة كراتشيالباكستانية يوم 11 سبتمبر 2001، وخلال يوم واحد كان معظمهم في طريق العودة إلى أفغانستان ليخططوا لحرب طويلة. وذكرت الوثائق أيضًا بحسب وصف الصحيفة "بعض اللمحات المحيّرة" بشأن أماكن تواجد وعمليات زعيم التنظيم أسامة بن لادن، ونائبه المصري أيمن الظواهري. ووفقًا للوثائق فإنّ ابن لادن زار بعد 4 أيام من هجمات 11 سبتمبر منزلاً في إقليم قندهار الأفغاني، ودعا المقاتلين العرب الذين اجتمعوا هناك إلى "الدفاع عن أفغانستان ضد الغزاة الكافرين.. والقتال باسم الله". وكان ذلك بداية 3 أشهر من التنقل لابن لادن والظواهري، حيث تنقل الأول بسيارة في مواقع مختلفة بأفغانستان وسلّم مهمات لبعض أتباعه، والتقى بعض قيادات التنظيم واختار وفوّض قيادته إلى مجلس الشورى، ربما بسبب خوفه من الاعتقال أو القتل على يد القوات الأمريكية. وقد أصدر ابن لادن والظواهري خلال استقبالهما زائرين من أتباعهما الأوامر والإرشادات بمواصلة العمليات ضد الأهداف الغربية، وأبعد مقاتليه عن مخيمات التدريب، وطلب بأن تهرب النساء والأطفال وبينهم بعض زوجاته إلى باكستان. وأشارت الوثائق إلى أنّ ابن لادن والظواهري التقيا في أكتوبر 2001 حين بدأ حلف الأطلسي (الناتو) عملياته في أفغانستان، بزعيم حركة طالبان جلال الدين حقاني. وذكرت أنّ زعيم القاعدة هرب برفقة الظواهري وعدد من المقربين منه إلى كهفه في منطقة تورا بورا بشرق أفغانستان في نوفمبر 2001، وقد شُوهد في 25 من الشهر المذكور يطلق خطابًا في مجمعه للقيادات والمقاتلين، داعيًا إياهم للالتزام بالقتال ومساعدة "طالبان". وأشارت الوثائق إلى أنّ ابن لادن ونائبه هربا من تورا بورا في منتصف ديسمبر 2001، وقد اجتمع كبار المساعدين في زورمات بأفغانستان، بينهم خالد شيخ محمد، مدبّر هجمات 11 سبتمبر، وعبد الرحيم الناشري، المتهم بالتخطيط للهجوم على المدمرة الحربية الأمريكية "يو اس اس كول" عام 2000 في اليمن، والعنصر المهم في القاعدة أبو فرج الليبي. ولفتت الوثائق إلى أنّ المكان كان يعج بالمقاتلين الذين كانوا ينتظرون من التنظيم إعادة جوازات سفرهم ليتمكنوا من الهروب عبر الحدود إلى باكستان. وقال محمد لاحقًا أنّه خلال تواجده وآخرين في زورمات، تلقوا رسالة من بن لادن فوّض فيها القيادة لمجلس الشورى، وبدأ النشطاء الكبار التخطيط لهجمات جديدة. وذكرت الوثائق أنّ الناشري اشتكى من أن ابن لادن يدفعه على مواصلة التخطيط لعمليات عدائية ضد المصالح الأمريكية في منطقة الخليج، من دون إيلاء الاهتمام لأمنه. وبعد الاجتماع السري في زورمات، بدأ محمد وكبار عناصر القاعدة بالعودة إلى كراتشي. وأشارت الوثائق إلى أنّ محمد وضع برنامج تدريب على الاغتيالات والاختطاف والمسدسات والكمبيوتر، وكانت الأموال في ذلك الوقت تتدفق عليه لتأمين المنازل الآمنة وتمويل العمليات. وذكرت الصحيفة أنّ الوثائق أظهرت بعض الإشارات الجغرافية لابن لادن بعد توجهه إلى باكستان. وأشارت الوثائق إلى أنّه يبدو أنه أرسل من مخبئه رسائل عن طريق رسل موثوقين، سلموها إلى الليبي. وبعد اعتقال محمد في مارس 2003، هرب الظواهري من منزل كان يتواجد فيه، وكان من المقرر أن يلتقي بالليبي؛ لكن القوات الباكستانية اعتقلت الأخير، وذكرت الوثائق أنّ الظواهري غيّر سكنه إلى مكان جيّد يمتلكه رجل مسن.