صادق مجلس الجامعة في مقرر رقم 39/2016 على مبدأ دفع الطلبة الموظفين لرسوم التسجيل لتغطية المصاريف الناتجة عن عملية تكوينهم في حصص مبرمجة خارج أوقات العمل، حيث ستصبح بالنسبة للإجازة الأساسية4000 درهماً، عوض 2000درهماً في السابق. فقد أقرت جامعة محمد الخامس بالرباط رسوماً جديدة بالنسبة للموظفين الراغبين في استكمال دراستهم بسلك الإجازة، وأقرتها لأول رسوماً لسلكي الماستر والماستر المتخصص والدكتوراه، ستطبق في المؤسسات الجامعية التابعة لها، ابتداءً من الموسم الجامعي .2017-2016 ولأول مرة سيتم إقرار الرسوم بالنسبة لسلكي الماستر والدكتوراه الجدد برسم الموسم الجامعي2017-2016 ،وتبرر الجامعة ذلك بتحسين ظروف التكوين، وتجويد التأطير وتمويل أنشطة الطلبة البحثية والعلمية، والارتقاء بمستوى الخدمات التي تقدمها الجامعة. وستصبح الرسوم ابتداءً من الموسم الجامعي الحالي بالنسبة للإجازة الأساسية محددة في4000 درهماً، الإجازة المهنية ثلاث سنوات 7500 درهم، والإجازة المهنية سنتين 7500 درهماً، والإجازة المهنية في العلوم الإنسانية والاجتماعية سنة واحدة 15ألف درهم، نفس الشيء بالنسبة للإجازة في العلوم والتقنيات لسنة واحدة. أما فيما يخص سلكي الماستر والماستر المتخصص سيكون على الموظف الراغب في التكوين، خارج أوقات الدراسة، ابتداءً من الساعة الرابعة إلى المساء، دفع حوالي20ألف درهماً، وسلك الدكتوراه ب 10 آلاف درهماً.