اتخذ صراع النقابة الوطنية للأطر العليا وإدارة المكتب الشريف للفوسفاط « أبعادا أخرى» حيث اتجه مكتب نقابة الأطر، التي تضم أزيد من 800 إطار ، إلى أخذ رأي رئاسة الحكومة في مسألة الحق النقابي. ويأتي هذا الإجراء بعد أن أقدمت إدارة المكتب على تسريح أربعة أطر نقابية ، ويتعلق الأمر بالكاتب العام لنقابة الأطر العليا للمهندسين (الذي يشتغل في المجمع منذ 20 سنة وهو المشرف العام على وحدة للإنتاج أنشأت بشراكة مع البرازيل)ونائبه ومهندسين آخرين من المكتب النقابي. ومن جهتها بررت الإدارة ذلك ،حسب من جاء في قرار الفصل ب «عدم التزامهم بقيم المجمع الشريف للفوسفاط».وفي اتصال هاتفي بإدارة المجمع، أكد مسؤول عن مديرية الموارد البشرية، أن « المجمع مصر على ان يلتزم العاملون بقيم الشركة، ومنها عدم تسييس العمل النقابي»، مبرزا على «أن الطرد لا علاقة له بالحق في التكتل النقابي الذي يضمنه الدستور». وعن حرمان بعض أعضاء المكتب النقابي من الترقية والمنحة، اكد المسؤول على « أن الحرمان على أساس العمل النقابي لا أساس له من الصحة». وأكد محمد سويكر، الكاتب العام للنقابة الوطنية للأطر العليا، أن نقابته مصرة على أن تلتزم إدارة المجمع باحترام الحق النقابي. مشيرا إلى أنه منذ تأسيس النقابة في 29 يونيو 2011 وهي تتعرض للمضايقات.