بعد وفاة البابا شنودة لجأ عدد من اقباط مصر الى السفر الى القدس للاحتفال بعيد الفصح بالرغم من اصدار البابا قرارا تاريخيا بعدم جواز سفر الاقباط الى القدس لعدم اضفاء شرعية للاحتلال ، وظل الاقباط ملتزمون بقرار البابا شنودة حتى وفاته، وبوفاته انفرط العقد وبدأ توافد اقباط مصر الى القدس، رغم رفض الكنيسة لذلك. مصادر سياحية بمطار القاهرة الدولي كشفت ل "المركز الفلسطيني للاعلام" أن عدد المسافرين إلى الكيان الصهيوني يشهد تزايداً فى مثل هذا التوقيت من كل عام، للسفر إلى القدس بمناسبة عيد الفصح وخاصة من دول أفريقيا. وأضافت أنه لم يتم تشغيل سوى ثلاث رحلات إضافية فقط، اثنتين يوم الخميس وواحدة الجمعة، وهي النسبة العادية للركاب من مصر ومن الدول الإفريقية المجاورة، ولا تقوم شركة الطيران بسؤال المسافرين عن أسباب سفرهم، طالما لديهم التصريحات والتأشيرات اللازمة للسفر للوجهات المختلفة. وقالت المصادر إن عدد الركاب الذين تم نقلهم بالكامل على الرحلات الثلاث الإضافية من مصر والدول الأفريقية المجاورة يزيد عن 300 راكب، وإن الأعداد تزايدت في الايام الاخيرة . 10 آلاف طلب لزيارة قبر المسيح كما كشف مصدر كنسي أن المقر البابوي تلقي العديد من المطالب الخاصة بالأقباط يطالبون بالموافقة الرسمية لزيارة القدس من اجل "التقديس" بشكل رسمي، موضحا ان الكنيسة الارثوذكسية تلقت اكثر من 10 الاف طلب من الاقباط لزيارة قبر السيد المسيح بالقدس. وشدد المصدر أن الكنيسة تتمسك بقرار البابا شنودة رغم وفاته ومقولته الشهيرة بأنه "لن ندخل الأقباط القدس إلا ويدنا مع إخوتنا المسلمين وشيخ الأزهر". وأشار أن القرار يحرم سفر أي قبطي للقدس كما رفضت الكنيسة إقامة أي رحلات للقدس رغم مطالب ملايين الاقباط بالسفر لها. الكنيسة ملتزمة بقرار البابا ومن جانبه أكد الأب باخوميوس القائم مقام البطريركي بشؤون الكنيسة الأرثوذكسية، أن جميع القرارات التي أخذها البابا الراحل الأب شنودة الثالث لم يتم تغييرها أو الرجوع فيها وأن جميع قرارات الكنيسة ملتزمة بها ومنها القرار الخاص بمنع الأقباط من زيارة المقدسات بالقدسبفلسطين، مشيرا إلى أن الكنيسة تؤكد على موقفه الداعم للقضية الفلسطينية وتسير فى إطار ما رسخه بابا الكنيسة الراحل وترفض أي زيارات للقدس. وأضاف القائم مقام في تصريح خاص ل "المركز الفلسطيني للاعلام" أن الكنيسة لم تعط أي تصاريح لأي قبطى بشأن زيارة القدس، مؤكدًا على عدم وجوب زيارات للقدس. لا زيارة للقدس إلا بعد تحريرها ويعود قرار منع الأقباط من زيارة القدس لقداسة البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية، وبطريرك الكرازة المرقسية، الذي أصدر قرارا بمنع زيارة الأقباط ورفض الدخول للقدس إلا مع المسلمين عندما تحرر القدس من الاحتلال الصهيوني، واعتبار أن قضية فلسطين هي قضية لكل المصريين، وعلى هذا الأساس قامت جميع الكنائس المصرية بالالتزام بهذا القرار، وإن كان بعض الأقباط يذهبون بشكل فردي دون إخبار الكنيسة. وكان البابا قد قال في أحد لقاءاته: إنه لا تراجع عن قرار منع سفر الأقباط إلى القدس، إلا أن القرار له بعض الاستثناءات مثل تسيير بعض الأمور الخاصة هناك، حيث وافق على سفر بعض المقاولين إلى هناك، وقال حينها إنه يسمح أيضًا لبعض رجال الدين الذين يتولون شؤون الممتلكات القبطية بالسفر إلى هناك، كما سمح لطالبة في الجامعة الأمريكية بالسفر مع مجموعتها الدراسية في مهمة تعليمية إلى المدينة.