رفض الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر الشريف، دعوة بابا الفاتيكان بنديكت السادس عشر التي طالب فيها بحماية النصارى في مصر، واصفًا هذه الدعوة بأنها تدخل غير مقبول في شئون مصر. وقال الطيب، في مؤتمر صحفي بمقر مشيخة الأزهر بالقاهرة عقده الأحد: "إنّني أختلف مع البابا في هذا الرأي، وتساءل لماذا لم يُطالب البابا بحماية المسلمين عندما تعرضوا لأعمال قتل في العراق"، منتقدًا التعامل بنظرة غير متساوية للمسلمين والنصارى جراء ما يحدث في العالم من أعمال قتل لهم. وكانت دعوة الفاتيكان جاءت عقب الهجوم الذي استهدف كنيسة القديسيين بالإسكندرية في شمال مصر ليلة الجمعة/السبت، مما أدّى إلى مقتل 21 شخصًا، وإصابة العشرات. وأعلن الطيب عن إطلاق مشروع بيت العائلة المصرية (لجنة من الأزهر والكنيسة في مصر)، وتضم علماء الإسلام ورجال الدين النصراني؛ لتكون صوتًا واحدًا للأزهر والكنيسة، وتركز على سماحة الإسلام، وتعمل على إزالة أي أسباب مفتعلة للاحتقان والتوتر من الطرفين. وأضاف أنّ هذه اللجنة التي من المقرر بدء العمل بإجراءاتها التنفيذية خلال أسبوعين ستناقش كل ما يتعلق بالمسلمين والنصارى، وأي أسباب للتوتر وتقترح الحلول المناسبة لها وترفعها إلى أولى الأمر للتعامل معها ووضع الحلول المناسبة لها. وأوضح أنّ هذه اللجنة ستزيل أي أسباب للاحتقان والتوتر التي يتلقفها المتربصون بمصر لإثارة الفتنة الطائفية الغريبة على المجتمع المصري منذ قديم الزمن، حيث لم تشهد مصر منذ زمن بعيد أية فتنة طائفية.