أدان شيخ الأزهر أحمد الطيب عدوان الاحتلال الإسرائيلي والمتطرفين اليهود على المسجد الأقصى المبارك، ووصف ما يحدث في القدس ب "الإجرام الذي لا ينبغي السكوت عليه، لا من جانب المجتمع الدولي ولا من جانب المسلمين، الذين يجب عليهم جميعًا الدفاع عن الأقصى والمقدسات الإسلامية في الأراضي الفلسطينية". وكان الطيب ذهب إلى مكتبه يوم الأحد 21 مارس 2010 في أول يوم عمل، مرتديًا الزّي الأزهري التقليدي "العمامة والكاكولا" الذي كان تخلى عنه عقب تركه لدار الإفتاء المصرية عام 2003, واستقبل المهنئين من القيادات الأزهرية والسياسية والتقى العديد من وسائل الإعلام. وأكّد الطيب أنه لا خصومة بينه وبين أحد من التيارات السياسية أو الدينية داخل مصر أو خارجها، مشيرًا إلى أن "موقفي واضح للجميع، وهو رفض استخدام شعارات دينية لتحقيق أهداف سياسية". وعن موقفه من الحوار بين السنة والشيعة, قال الطيب: "نحن مع الحوار والتفاهم والتقريب، ولا صراع بين الأزهر وأتباع أي مذهب آخر"، وشدّد على استمرار دعم الأزهر لحقوق المسلمين المضطهدين في العالم، مشيرًا إلى أن الأزهر ليس مجرد هيئة دعوية أو بحثية أو تعليمية. وأكّد الطيب أن باب الأزهر مفتوح لكل حوار فكري وحضاري بنّاء، وأن الحوار بين الأزهر والمؤسسات النصرانية في العالم سيتواصل من خلال قنوات محددة وسيعاد النظر في لجنة الحوار الأزهرية مع الفاتيكان لإضافة عناصر جديدة قادرة على الحوار والإقناع والتعبير عن سماحة الإسلام وعدله في التعامل مع الآخرين. وأعلن رفضه التطاول على الأزهر من المثقفين أو الكتاب السياسيين، وقال: "لا بدّ أن يكون الحوار والخلاف في الرأي موضوعيًّا وملتزمًا بأدب الحوار حتى نصل إلى الحقائق التي نتطلع إليها". كما أكّد الطيب استمرار جهود الأزهر لدعم الوحدة الوطنية في مصر ومواجهة فلول المتعصبين والمتطرفين من المسلمين والنصارى، مشيرًا إلى أنه يحتفظ بعلاقات طيبة مع البابا شنودة والقيادات النصرانية. ونفى الطيب الفتاوى المثيرة للجدل التي حاول البعض إلصاقها به عقب توليه المشيخة، ومن بينها إباحة الرشوة وبيع وترويج الخمور في المجتمعات الإسلامية.