دَافَعت كينيا عن الزيارة الّتي قام بها الرئيس السوداني، عمر حسن البشير، إلى نيروبي، بعد مذكِّرة التوقيف الصادرة بحقِّه من المحكمة الجنائية الدولية بدعوى ارتكاب جرائم إبادة جماعية في إقليم دارفور، وأرجعتها إلى أنّ اعتقال البشير كان من شأنه أن يُلحق الأذى بالوضع الداخلي في السودان. في غضون ذلك، حَذَّر مسؤول سوداني من عواقِب انفصال الجنوب عن الشمال على دول الجوار. جاء ردّ السلطات الكينية بعد استجواب تقدّم به عدد من الوزراء هم أنيانج نيونجو وجيمس أورنجو وأماسون كينجي إلى وزارة الخارجية، مطالبين بمعرفة رأيها حول الدعوة. ونقلت صحيفة صنداي نايشن الكينيّة أنّ دعوة نيروبي للبشير سبَّبت أيضًا أزمة بروتوكولية داخلية، إذ سبق لكينيا أن دعتْ رئيس حكومة الجنوب، سيلفا كير، وهو نائب البشير، دون أن تخطرَه بدعوة رئيسِه، وقد كان كير يخطط للسفر قبل أن يدرك وصول الدعوة للبشير. وأوردت الصحيفة أن وزير الخارجية الكيني، موسى ويتانجولا، أصدر بيانًا أشار فيه إلى أن البشير تلقَّى الدعوة كسائر رؤساء الدول الصديقة، مضيفًا أنّ من مصلحة كينيا وجود سلام دائم في السودان. وتابع الوزير الكيني قائلًا: لقد شاركتْ كينيا في رعاية اتفاقات السلام السودانية ويجب أن تكون علاقاتها جيدة مع كل الأطراف.. الوضع في الصومال يسبب لنا الكثير من الصداع والمشاكل ونحن لا نريد نموذجًا ثانيًا من النوع نفسه في المنطقة (الصومال). وكان البشير قد أنهى الجمعة زيارته إلى كينيا، عائدًا إلى بلاده، دون اهتمام بمذكرة التوقيف الصادرة بحقه من المحكمة الجنائية الدولية، والتي تعتبرها الخرطوم سياسية وتقف وراءها الولاياتالمتحدة وكيان العدو الصهيوني لعدم رضاهما عن النظام السوداني كونه لا يدور في الفلك الأمريكي أو ما يطلق عليه أنظمة الاعتدال العربي. وأصدرت الدائرة التمهيدية الأولى في المحكمة الجنائية الدولية قرارَيْن لإبلاغ مجلس الأمن التابع للأمم المتحدة والدول الموقّعة على نظام المحكمة بزيارتي البشير إلى كلٍّ من كينيا وتشاد، وذلك من أجل أن يتخذا أي إجراء يرياه مناسبًا. وكانت الدائرة التمهيديَّة الأولى أصدرت في الرابع من مارس 2009 أمرًا بالقبض على البشير، ادَّعت فيه أن هنالك أسبابًا معقولة للاعتقاد بأن البشير مسؤول جنائيًا عن خمس جرائم ضد الإنسانية وعن جريمتي حرب. كما وأصدرت الدائرة أمرًا ثانيًا بالقبض على البشير، في 12 يوليو ,2010 لثلاث تُهَم تتعلق بجريمة الإبادة الجماعيَّة. من جانب آخر، حَذَّر رئيس البرلمان السوداني أحمد إبراهيم الطاهر من عواقِب انفصال الجنوب على دول الجوار إيجاد، داعيًا إياهم إلى دعم خيار الوحدة في الاستفتاء المرتقب مطلع العام المقبل. وقال الطاهر في تصريحات له: إن انفصال الجنوب قد يزعزِع استقرار دول الجوار وأمنها. ويواجه الاستفتاء على تقرير مصير جنوب السودان من حيث البقاء تحت ظلّ الحكومة المركزية في الخرطوم أو الانفصال عنها مصاعب عديدة. وكانت مفوضية الاستفتاء طلبت في وقت سابق من الشماليين والجنوبيين تأجيل موعد الاستفتاء المقرَّر في التاسع من يناير 2011 لأسباب تقنيَّة لن تمكنها من إجرائه في موعده المحدَّد. وأكَّد الرئيس السوداني عمر البشير في وقت سابق أن بلاده تمرُّ بأخطر مرحلة في تطبيق اتفاقية السلام بين الشمال والجنوب، وهي الاستفتاء على مصير الجنوب، مشددًا في الوقت نفسه التزام حكومته بتنفيذ اتفاق السلام إلى نهاياته وإن شمل أخطر بند ربما قسّم السودان إلى دولتين وهو الاستفتاء.