عَقدَت قيادة المجلس الأعلى الإسلامي اجتماعًا عاجلًا في بغداد وضعت فيه تفاصيل تشييع جثمان الحكيم، وأكدت علي قيام نجل الحكيم، عمار، بقيادة المجلس خلال المرحلة الانتقالية لحين عقد اجتماع ثان لها لاختيار رئيس جديد للمجلس، فيما أعلن إقليم كردستان العراق يوم الخميس 26 غشت 2009 الحداد العام لثلاثة أيام إثر وفاة الحكيم. ونقلت صحيفة الزمان العراقية عن مصادر وصفتها بالمطلعة: "إن القيادي في المجلس الأعلى، همام حمودي، سيكون رئيسًا للائتلاف العراقي بدل الحكيم الذي كان يحتل هذا المنصب". وردًّا على سؤال حول عدم تولي القيادي في حزب الدعوة ونائب رئيس الائتلاف، علي الأديب، هذا المنصب، كشفت المصادر "أن رئاسة الائتلاف من حصة المجلس الأعلى، لذلك من الطبيعي أن يتولى قيادي فيه هذا المنصب". وأوضحت الصحيفة أن قادة في المجلس يعارضون تولِّي نجل الحكيم، عمار، رئاسة المجلس، مشيرةً إلى أن حمودي هو الأصلح للمهمة، وذلك لأن الحكيم كان قد كلَّفه إدارة الحوار حول ترميم الائتلاف نيابة عنه قبل دخوله المستشفى للعلاج. وحول ترتيبات تشييع الحكيم، نقلت الصحيفة عن عباس العامري، مدير مكتب حمودي، أن الرئيس العراقي، جلال طالباني، ورئيس وزرائه نوري المالكي سيستقبلان جثمان الحكيم في البصرة التي يصل إليها جوًّا من طهران. وأكَّد العامري أن الحكومة الإيرانية ستمثل في هذا التشييع، مضيفًا أن مراسِم التشييع ستَجري في الناصرية والسماوة قبل التشييع الرسمي في بغداد ثم يُنقَل الجثمان إلى كربلاء بعدها إلى النجف قبل مواراته في مثواه الأخير. وأفادت وكالة مهر الإيرانية للأنباء أن مراسم تشييع جثمان رئيس المجلس الأعلى الإسلامي العراقي أقيمت صباح الخميس في طهران، بمشاركة رؤساء السلطات الثلاث في إيران. وأفادت الوكالة أن مراسم تشييع الحكيم انطلقت الخميس من أمام مبنى السفارة العراقية في طهران باتجاه مبنى المجمع العالمي لأهل البيت في طهران. وكان الحكيم قد توفي الأربعاء في أحد مستشفيات العاصمة الإيرانية، حيث كان يعالَج من مرض سرطان الرئة، إثر تدهور صحته بصورة كبيرة في الأيام القليلة الماضية، إلى حدٍّ منع فيه الأطباء زيارته. وكان الحكيم قد سافر في السادس عشر من مايو عام 2007، إلى الولاياتالمتحدةالأمريكية لتلقي العلاج من السرطان، وعولج أكثر من مرة. وإثر نبأ الوفاة أعلن إقليم كردستان العراق الحداد العام لثلاثة أيام، وجاء في بيان صادر عن رئاسة الإقليم "تعبيرا عن الحزن أعلن السيد مسعود بارزاني رئيس إقليم كردستان الحداد العام في الإقليم ولمدة ثلاثة أيام". واعتبر بارزاني أن رحيل الحكيم أدى إلى "فقدان مدافع قوي عن العراق الجديد والمكتسبات التي تحققت بدماء ودموع العراقيين الغيارى في أرجاء بلدنا الصامد بوجه الإرهاب والشر".