أعلن المغرب رفضه القاطع ما وصفه في بيان لوزارة الخارجية والتعاون بـالتبريرات والأسس التي استند عليها ردّ الفعل الإيراني تجاه القرار السيادي للمغرب بقطع علاقاته الدبلوماسية مع طهران، إذ ذهبت الخارجية الإيرانية، في بيان لها، إلى أن ذلك القرار كان مفاجئا ومثيرا للاستغراب، وقالت إنه يضر بوحدة العالم الإسلامي. وردّا منها على هذه التبريرات، أكدت الخارجية المغربية، في بيان لها، أن إيران إذ تستند على الظروف التي تمر منها الأمة الإسلامية، وخاصة القضية الفلسطينية، فهي تتملص من مسؤولياتها وتحاول توسيع مشكل ثنائي محض، ليشمل قضايا ليس لها فيها حق التفرد بها ولا ادّعاء احتكمار شرعيتها. وأضاف البيان أن أي محاولة من إيران نفي أو التملص من مسؤوليتها بالنسبة لتدهور العلاقات الثنائية، ما هو إلا ادعاء غير مقبول ترفضه المملكة ، وأن على إيران تحمل كافة مسؤولياتها في تدهور العلاقات الثنائية التي تعرف إيران جد المعرفة دوافعه. وكان المغرب قد أعلن قطع علاقاته الدبلوماسية مع إيران يوم الجمعة 6 مارس 2009، أسبوعا بعد استدعاء السفير الإيراني في الرباط، وطلب منه تقديم توضيحات من إيران حول تصريحات اعتبرها المغرب غير مقبولة، إذ احتجت إيران على القائم بالأعمال المغربي لدى طهران، وذلك على خلفية الموقف المعبّر عنه في رسالة الملك محمد السادس المساند لمملكة البحرين ضد التهديدات الإيرانية. وانبنت أسباب قطع تلك العلاقات وفقا لتصريحات المدير العام للعلاقات متعددة الأطراف والتعاون بوزارة الخارجية، محمد أزروال، على ما وصفه بـالتصرفات غير الواضحة، وغير المفهومة للسلطات الإيرانية إزاء المغرب، وأوضح في هذا الصدد أن تضامن المغرب مع البحرين هو سلوك طبيعي قامت به العديد من الدول، لكن المستغرب، يضيف أزروال، أن يتم حصر الاحتجاج الايراني على المغرب فقط، بينما لم تحتج إيران على باقي الدول التي اتخذت الموقف نفسه من التهديدات الإيرانية تجاه مملكة البحرين. وأكد أزروال أيضا أن وكالة الأنباء الإيرانية الرسمية انتقدت بشكل غير أخلاقي الرسالة التضامنية التي وجهها جلالة الملك محمد السادس إلى ملك البحرين. وكشف أزروال أن المغرب طلب تفسيرا رسميا من الحكومة الإيرانية على دعوتها والاحتجاج على القائم بالأعمال، إلا أنه يتوصل بأي تفسير رسمي من إيران. إضافة إلى ذلك، أكد أزروال وجود نشاط لنشر التشيع في صفوف المغاربة، مؤكدا أن للدبلوماسيين الإيرانيين نشاطات تستهدف الإساءة إلى المقومات الدينية الجوهرية للمغرب، وقال بهذا الخصوص إن نشاطات أعوان أو دبلوماسيين إيرانيين تمس في جوهرها المذهب السني المالكي. لكن محمد ضريف، محلل سياسي وباحث في الشؤون الإسلامية، ذهب إلى أن هناك أكثر من سبب أدى إلى قطع العلاقات الدبلوماسية مع إيران، وأكد ضريف في هذا الصدد أن العلاقات بين المغرب وإيران منذ الثورة الإسلامية سنة 1979 طالما كانت هشة وأن القرار حمل رسائل متعددة إلى نشطاء التيار الشيعي بالمغرب.