طالبت المنظمة المصرية لحقوق الإنسان الرئيس حسني مبارك بإعمال صلاحياته الدستورية والقانونية، من أجل وقف تنفيذ أحكام المحكمة العسكرية يوم الثلاثاء بحبس 25 من قيادات جماعة الإخوان المسلمين، وإعادة محاكمة المتهمين أمام القضاء المدني، وأدانت منظمة العفو الدولية حرمان المتهمين من حقوقهم الاساسية، ورفضت جماعة الاخوان ان تلتمس من الرئيس العفو عن قادتها المحكومين. وأعربت المنظمة المصرية لحقوق الانسان في بيان عن أسفها إزاء استمرار ظاهرة إحالة المدنيين للمحاكمات العسكرية، مشددة على ضرورة أن تحترم الدولة القواعد الشرعية والإجرائية عند محاكمة المتهمين وذلك بالمثول أمام محكمة مستقلة منشأة بحكم القانون، وهو ما رأت انه لا يتوافر في أي من المحاكمات العسكرية أو محاكم أمن الدولة طوارئ. وأكدت أن المحاكم العسكرية تهدر العديد من الضمانات اللازمة للمحاكمة العادلة والمنصفة مثل إهدار حق المتهمين في إعداد دفاعهم وحق الدفاع في الاطلاع على ملفات القضايا ولقاء موكليه على انفراد. وجدد حزب التجمع التقدمي الوحدوي رفضه إحالة المدنيين إلى القضاء العسكري تحت أي مبرر باعتباره شكلا من أشكال القضاء الاستثنائي المحظور دوليا حيث يفتقد لجميع المعايير والضمانات القانونية للمحاكمة العادلة والمنصفة المنصوص عليها في الدستور المصري وفي العهد الدولي الخاص بالحقوق المدنية والسياسية، وطالب بإعادة محاكمة قيادات جماعة الإخوان أمام القضاء المدني، محذرا من أن محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري تعطي تأكيدا صارخا على أن سلطات الحكم تحول مصر إلى دولة تخاصم الديمقراطية والعدالة مما يسيء إلى سمعة مصر وصورتها أمام المنظمات والهيئات الدولية. ونظم المئات من طلاب جماعة الإخوان بجامعتي القاهرة والأزهر مظاهرات يوم الاربعاء للتنديد بالأحكام الصادرة بحق قيادات الجماعة، مرددين الهتافات المعادية للحزب الوطني الحاكم والمطالبة برحيله عن الحكم، محملة إياه المسؤولية عن تدهور الأوضاع المعيشية لغالبية أبناء الشعب المصري. وقالت الجماعة في بيان إن الأحكام الصادرة بحق قياداتها تقطع بأن الحزب الحاكم فقد صوابه وحياءه وإحساسه بالمصلحة العامة، وأنه أصبح كل همه احتكار السلطة وما يجره ذلك على أفراده وتابعيه من منافع مادية. مضيفة أن تلك الأحكام وما صاحبها من تعسف ضد أهالي المتهمين تدل على مدى الضعف والهشاشة التي وصل إليها الحزب الحاكم، وشعوره بفقدان شرعيته وشعبيته. ووصف النائب الأول للمرشد العام للجماعة محمد حبيب الأحكام بأنها جائرة وظالمة وبالغة الغرابة بكل المقاييس، وقال إنها أحكام سياسية بالدرجة الأولى، معتبرا أنها تمثل رد فعل على نجاح جماعته في الانتخابات التشريعية عام 2005 والتي فازوا فيها بعدد 88 مقعدا، محذرا من أن الأحكام التي انتهت إليها المحاكمة العسكرية تزيد من حالة الاحتقان والغليان الموجودة في المجتمع نتيجة للأزمات الاقتصادية والسياسية التي تسببت فيها السلطة وفشلت في التعامل معها. وقال محمد هلال عضو مكتب الإرشاد بالجماعة انها تفضل أن يعلق قياديوها على المشانق من طلب العفو الرئاسي من نظام ظالم. وانتقدت منظمة العفو الدولية أحكام السجن التي أصدرتها المحكمة العسكرية ضد 25 من أعضاء جماعة الإخوان، واعتبرتها انحرافاً عن جوهر العدالة، واكدت ان المحاكمة تجري على خلفية سياسية منذ بدايتها، واعتبرت محاكمة المدنيين أمام محاكم عسكرية يشكل مخالفة للمعايير الدولية للمحاكمة العادلة.