بدأت الخلافات بين قيادات الإخوان المسلمين في كل من تركياوتونس ومصر في الظهور على السطح بشكل علني، حيث غضب راشد الغنوشي المتزعم لحركة النهضة التونسية، على تصرف رئيس الوزراء التركي، رجب طيب أردوغان، الذي طالب بحجب مداخلة الغنوشي في اجتماع قادة التنظيم العالمي للإخوان عقد أخيراً في اسطنبول ، بسبب احتوائها على انتقادات لاذعة ضد إخوان مصر. ورد الغنوشي غاضبا على حجب "أردوغان"، بتوزيعها على قادة الإخوان بعد عشرة أيام من الاجتماع، رافضا قرار التنظيم العالمي بحفظها وكتمانها. وقال الغنوشي في مداخلته إن الإخوان في مصر تصرفوا بطريقة صبيانية أدت إلى فقدهم الحكم. ووصف الغنوشي في بداية مداخلته، قيادة الإخوان في مصر وسياستهم ب"المرتبكة والارتجالية والمتمردة والصبيانية". وبعد أن أسهب مطولا في الحديث عن التجربة المصرية، قال إنه "كان من حظ المصريين أن تجربة الربيع العربي سبقتهم، وكان لهم الوقت الكافي والمناسب لدراسة التجربة التونسية والتركيز عليها واستخلاص العبر منها، ليتجنبوا سلبيات تجربتنا في تونس، ويركزوا على الإيجابيات فيها". واستدرك الغنوشي قائلاً: "لكن للأسف انطلق الإخوان في مصر وكأن شيئا لم يحدث في دولة شقيقة لهم بقيادة أشقاء، وإخوان يشاركونهم النهج نفسه والتجربة، ولم يكلفوا خاطرهم باستشارتنا. فرضنا أنفسنا عليهم، وراسلناهم وخاطبناهم ووجهناهم وحذرناهم وشجعناهم في العديد من المواقف، ولكن لا حياة لمن تنادي". وأضاف الغنوشي: "كانت تجربة الإخوان في مصر مع بدايات ثورة الشعب المصري منذ الأيام الأولى لثورة يناير تعاني ارتباكا كبيرا وترددا عميقا يسود قيادة الإخوان في مصر، فجزء من القيادة يدعو للمشاركة في الثورة، وجزء يدعو للانتظار، والثالث يريد المراقبة، بينما نزل الشعب المصري بأسره إلى الشوارع من واقع الظلم والمعاناة والجوع والفقر. وواصل الغنوشي: "وهنا لا أخفي أن جيل الشباب في الإخوان كان متحمسا ومنخرطا، وخالف قيادته في كثير من المراحل، ولم يكن هناك تقسيم أدوار، لأن أعين قادة الإخوان منذ البداية كانت منصبة على المساومات والمفاوضات. ومع أول دعوة وجهت من النظام للحوار نصحت الإخوة في مصر بعدم التجاوب معها، وبألا يكونوا طرفا في هذا الحوار. قلت لهم إن من سيذهب للحوار فلن يمثل أحدا، لأن هبّة الشارع تزداد، وعنوان إسقاط النظام أصبح الشعار الذي لا رجعة عنه، وأن أي حلول وسط هنا أو هناك سوف يسقطها ميدان التحرير فوراً".