في سابقة من نوعها سحب ظهير ملكي جامعة القرويين من وزارة التعليم العالي والبحث العلمي وتكوين الأطر وألحقها بوزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية، لتصبح بذلك مؤسسة تابعة للمجال الديني المحفوظ للملك محمد السادس. وأشار الظهير إلى أن إعادة تنظيم جامعة القرويين يأتي انطلاقا من الإمامة التي طوق الله بها عنقه، وحماية للملة والدين، وحرصا منه على أن تستعيد جامعة القرويين دورها الريادي الذي اضطلعت به منذ نشأتها، ورغبة منه في جعلها مؤسسة علمية مرجعية للتكوين المتخصص والمتميز والرصين في علوم الدين وفي تاريخ الفكر والحضارة الإسلامية، وسعيا منه إلى تنمية البحث العلمي وتطوير مناهجه في الدراسات الإسلامية عامة، والفقه المقارن والتراث الفقهي المالكي منه بوجه خاص. ونشرت الجريدة الرسمية الظهير الملكي، الذي يعيد تنظيم جامعة القرويين ويحدد مهامها المنوطة بها، حيث وضع الظهير جامعة القرويين تحت الرعاية السامية للملك محمد السادس، كما أخضعها لوصاية الدولة التي يمارسها وزير الأوقاف والشؤون الإسلامية. ويناط بجامعة القرويين تكوين علماء وباحثين متخصصين في مجال الدراسات القرآنية والعلوم الشرعية والدراسات الإسلامية العليا المعمقة. وأوضح الظهير أن الجامعة يناط بها الإسهام في التعريف بالعلوم الإسلامية وتاريخها والعمل على نشر الدراسات والأبحاث والمصادر المتعلقة بها، كما تتكلف بالإسهام في التعريف بتاريخ المغرب وتوثيقه وإنجاز الدراسات والأبحاث المتعلقة به. كما أكد الظهير أن جامعة القرويين والمؤسسات التابعة لها تتمتع بالاستقلال البيداغوجي والعلمي الذي تتطلبه المهام المسندة إليها. ومن المعاهد والمؤسسات التابعة لجامعة القرويين، مؤسسة دار الحديث الحسنية بالرباط، معهد محمد السادس للقراءات والدراسات القرآنية بالرباط، ومعهد محمد السادس لتكوين الأئمة والمرشدين والمرشدات بالرباط، بالإضافة إلى المعهد الملكي للبحث في تاريخ المغرب، ومعهد الفكر والحضارة الإسلامية الموجود بمدينة الدارالبيضاء، وجامع القرويين للتعليم النهائي العتيق الموجود بمدينة فاس.
