أنهى الملك محمد السادس تبعية مسجد الحسن الثاني للوكالة الحضرية للدار البيضاء، والتي تولت تدبير شؤون المسجد والمحافظة عليه وصيانته منذ فتحه للعموم، ولجأ الملك إلى تطبيق الفصل 19 من الدستور لإخراج «مؤسسة مسجد الحسن الثاني بالدارالبيضاء» إلى حيز الوجود، والتي ستتولى تدبير شؤون المسجد بالمرافق التابعة له والمتمثلة في المدرسة، مكتبة الوسائط، وأكاديمية الفنون التقليدية. وجاء في ديباجة الظهير المؤسس، والصادر بالجريدة الرسمية عدد 5703، أن «اتخاذ هذه البنية شكل مؤسسة يعتبر الخيار الأكثر ملاءمة لإدارة مسجد الحسن الثاني وتدبيره نظرا إلى ما يميز المؤسسة من ناحية وضعيتها القانونية... وأن شكل المؤسسة يوفر جميع الضمانات اللازمة لاستمرار وتنمية هذا الصرح والمرافق الملحقة به»، وتتمتع المؤسسة الجديدة، التي يتولى الملك رئاستها الشرفية، بالشخصية المعنوية والاستقلال المالي. ويسير المؤسسة محافظ سيعين من قبل الملك محمد السادس، ويساعده كاتب عام وكاتب عام مساعد وأمين الصندوق ومساعده، ويتألف مجلس المؤسسة من عدة قطاعات وزارية كالداخلية، الأوقاف والشؤون الإسلامية، وزارة المالية، الثقافة، التجهيز والسياحة والصناعة التقليدية، كما يضم مجلس المؤسسة كلا من والي الجهة، عامل عمالة مقاطعة الدارالبيضاء- أنفا، رئيس المجلس العلمي المحلي بنفس العمالة، رئيس الوكالة الحضرية بالدارالبيضاء، بالإضافة إلى رؤوساء المجالس المنتخبة بالمدينة. وسيتم تمويل مؤسسة مسجد الحسن الثاني من مساهمات ستضخها الدولة وعائدات الأملاك المحبسة لفائدة المسجد، ومساهمة من الجماعة الحضرية للدار البيضاء، مساهمة من وزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية. وتخضع المؤسسة للنظام الضريبي المطبق على الجمعيات المعترف لها بصفة المنفعة العامة. وسينقل المستخدمون المعينون سابقا لإدارة المسجد والمرافق التابعة له والتابعون للوكالة الحضرية للدار البيضاء إلى العمل بالمؤسسة مع احتفاظهم بكافة الحقوق والواجبات.