بعد أن يقوم المنهج التاريخي بمهمة الفصم بين الظاهرة الفكرية ومصدرها مُرجعاً إياها إلى مصدر تاريخي محض، وبعد أن يقوم المنهج التحليلي بمهمة تفتيت الظاهرة الفكرية إلى عناصر وعوامل تاريخية تكون موضوعاً اصطناعياً يعادل الظاهرة الفكرية مدعياً تمثيلاً لها أو بديلاً عنها، وبعد أن يقوم المنهج الإسقاطي بمهمة تفسير الظاهرة الفكرية ابتداءً من الصور الذهنية المماثلة أو المخالفة التي ليس لها إلا وجود ذهني خالص في نفس المستشرق، يقوم منهج الأثر والتأثر بالمهمة الباقية وهي القضاء التام على ما تبقى من الظاهرة مفرغاً إياها من مضمونها، ومرجعاً إياها إلى مصادر خارجية في بيئات ثقافية أخرى دون وضع أي منطق سابق لمفهوم الأثر والتأثر، بل بإصدار هذا الحكم دائماً لمجرد وجود اتصال بين بيئتين ثقافيتين وظهور تشابه بينهما مع أن هذا التشابه قد يكون زائفاً وقد يكون حقيقياً، وقد يكون لفظياً أو معنوياً. والأمثلة على مزالق ذلك المنهج كثيرة فقد قيل عن الفلسفة الإسلامية بوجه خاص إنها فلسفة يونانية مقنّعة، وإنها ترديد لما قاله اليونان من قبل، بل ترديد خاطئ يسوده عدم الفهم والخلط التاريخي. وهذا غير صحيح على الإطلاق، بل ويدل على عدم علم بطبيعة العمليات الحضارية التي تحدث كلما تلتقي حضارتان. فالفلسفة الإسلامية لم تأخذ من الحضارة اليونانية إلا اللغة، ولكن المعاني المعبر عنها ظلت هي المعاني الإسلامية. فالكندي يرفض قِدم العالم ويقول بالخلق، ويقول بالعناية الإلهية، يرفض الواحد الرياضي ويقول بالتوحيد. وإذا كان الفارابي وابن سينا قالا بالفيض فإنهما لم يفعلا ذلك اتباعاً لأفلاطون بل لاتجاههما الصوفي ونظريتهما الإشراقية التي تؤثر فيها الوحدة على الكثرة، ويسود فيها القلب على العقل، وتكون الأولوية فيها للروح على البدن. وإذا كان الفلاسفة والأخلاقيون قد انتهوا في تعريفهم للفضيلة بأنها وسطٌ بين طرفين، أو في تعريفهم للحياة الخلقية بأنها حياة التوازن بين قوى النفس، وهذه هي العدالة، فهم لم يفعلوا ذلك اتباعاً لأرسطو أو لأفلاطون بل فهماً لجوهر الوحي ووضع الفضيلة وتصور الحياة الخلقية فيه. وما دامت الظواهر تفسر من داخلها فلماذا اللجوء إلى الخارج؟ وما دام وجودها يفسّر بالعلل القريبة فلماذا اللجوء إلى العلل البعيدة؟ ويمضي الاستشراق في عقد مثل هذه المقارنات، وبناء مقاربات تشابه عليها، وكأن وجود مجرد صلات تاريخية بين الحضارة الإسلامية وأي من الحضارات المجاورة يؤكد دعوى الأثر والتأثر. بل لقد بلغ شطط منهج الأثر والتأثر إلى حد ادعاء أن منهج علم أصول الفقه تأثر بالمنطق اليوناني، وإن الشافعي، واضع علم الأصول، تعلم اليونانية لهذا الغرض في حين أنه شتان ما بين المنطق اليوناني والمنطق الأصولي. فالمنطق الأصولي يشمل أولاً مناهج للنقد التاريخي. ومناهج اللغة في الأصول مرتبطة أشد الارتباط باللغة ولا شأن لها بأبحاث المقولات أو العبارة في المنطق اليوناني. ومباحث القياس الفقهي لا صلة لها بالقياس أو البرهان الأرسطي. فالقياس الفقهي منتج خاص يقوم على التجربة وقياس العلة في حين أن القياس الأرسطي منتج صوري عام. أما منطق الأحكام فليس له ما يرادفه على الإطلاق في المنطق اليوناني الذي هو منطق نظري خالص لا شأن له بالفعل الإنساني. ولكن المستشرق لمجرد أنه رأى منطقاً وهو يعلم أن اليونان هم أصحاب المنطق فهو يتسرع في حكمه أو يلحق الظاهرة التي يدرسها بالمنبع الذي خرجت منه الثقافات الأوروبية التي هو جزء منها. وفي علم أصول الدين قيل إنه خضع للأثر والتأثر مع أنه أبعد العلوم عن ذلك لأنه أولها في النشأة قبل عصر الترجمة، وهو أول محاولة للتعبير عن النصوص وفهمها فهماً عقلياً خالصاً، وتحويلها إلى معانٍ. قيل مثلاً إن الطبع والطباع والطبائع عند الجاحظ والنظّام وتمامة وجعفر من آثار الدهرية لدى الفرس مع أن علم الكلام يفرد أبواباً خاصة للفرق غير الإسلامية ويرد عليها. فأحوال أبي هاشم صفات مطلقة منزهة غير مجسمة أو مشخصة، والطبع عند القائلين به رد على ما يعتبرونه تشخيص الطبيعة عند الأشاعرة.