المشتبه به الرئيسي في اغتيال المعارض التونسي محمد البراهمي هو متشدد فرنسي - تونسي معروف لدى أجهزة الأمن الفرنسية. فبعد 24 ساعة من اغتيال النائب اليساري بالرصاص، أكدت الحكومة التونسية أن السلفي المتشدد بو بكر الحكيم الذي ولد ونشأ في باريس، وبالتحديد في الدائرة ال19، هو المتهم الرئيسي في الجريمة. والمشتبه به مطلوب من الشرطة في قضية تهريب أسلحة من ليبيا إلى تونس، وقالت السلطات التونسية إن حكيم مشتبه أيضا بتورطه في اغتيال المعارض التونسي شكري بلعيد في فبراير الماضي.
وكان وزير الداخلية التونسي لطفي بن جدو قال الجمعة "إن نفس قطعة السلاح - وهي سلاح أتوماتيكي من عيار 9 مليمتر- التي قتل بها بلعيد هي التي قتلت أيضا البراهمي"، مضيفا أن أجهزته تعرفت على مجموعة من 14 سلفيا يشتبه بهم في قضية اغتيال شكري بلعيد ومن بينهم ثمانية يشتبه بضلوعهم في اغتيال البراهمي.
وكانت أجهزة الاستخبارات الفرنسية بدأت الاهتمام ببوبكر الحكيم منذ مشاركته في العام 2003 في مظاهرات مناهضة لحرب العراق، وبرز في تلك الفترة كأحد مسؤولي "فرع بوت شومون" –نسبة إلى إحدى حدائق الدائرة ال 19 بباريس- ومهمته تجنيد شباب باريسيين من أصول أجنبية يرغبون في مقاتلة القوات الأمريكية في العراق وتسهيل سفرهم إلى هناك.
وقد قتل رضوان الحكيم، شقيق بوبكر الحكيم، في 2004 في معارك الفلوجة. أما بوبكر فقبضت عليه الشرطة السورية في نفس السنة خلال محاولته الدخول إلى العراق وتم تسليمه إلى فرنسا في 2005 وحكم عليه في 2008 بالسجن سبع سنوات عن دوره ك "مقاتل" و"مشرف على العمليات" في إطار تنظيم هذا الفرع الجهادي. وأطلق سراح بوبكر الحكيم في 2011 ولم تسجل العدالة التونسية شيئا في خصوص هذا الشخص حتى 2013 على خلفية قضية تهريب أسلحة من ليبيا إلى تونس.