خلال القرنين 17 و 18 الميلاديين عرف المغرب أنواعا مختلفة من الأوبئة الفتاكة والأمراض القاتلة التي كانت تأتي على الآلاف من الاشخاص في ظرف وجيز، كالطاعون والكوليرا. وكانت طنجة من بين المدن المغربية التي اجتاحتها هذه الأوبئة في فترات مختلفة خلال هذين القرنين، بيد أن ما يمكن ذكره في هذا الجانب، هو أن طنجة كانت من بين المدن المغربية التي نجت مرارا من أوبئة فتاكة أو كانت الأقل ضررا مقارنة بباقي مناطق المغرب في أحيان كثيرة. ويرجع سبب هذا "الانفراد" إلى هيئة صحية كانت قد تأسست في أواخر القرن الثامن عشر من طرف الهيئات الديبلوماسية الأجنبية التي كانت قد بدأت تستقر بشكل رسمي منذ سنة 1786 حينما أعلنت السلطات المغربية طنجة كعاصمة ديبلوماسية لها. أقدم أعضاء المفوضيات والقنصليات الاجنبية في سنة 1792 على انشاء "مجلس صحي" يهتم بالجانب الصحي لمدينة طنجة وسلامة مينائها، من تسرب الأمراض التي كانت منتشرة في مختلف بقاع العالم. وكانت نواة هذا المجلس قد تأسست سنة 1774، لكنه بدأ العمل بصفة فعالة ومنظمة سنة 1792 عندما تم تشكيل لجن متخصصة، كلجنة كنس وإنارة المدينة، ولجنة مختصة بمراقبة اللحوم في المجازر ولجنة متخصصة بسلامة الميناء وفحص الوافدين عليه من السفن والمسافرين. وكان هذا المجلس مشكلا من أعضاء الهيئات الديبلوماسية الاجنبية المقيمة بطنجة، وقد أدى مهمته بنجاح في فترات كثيرة، وقد أنقذ المدينة من طاعون 1798 الفتاك الذي أوقع بالالاف من المغاربة لدرجة أن هذا الطاعون "منح" العرش للمولى سليمان بعد وفاة أخيه المولى هشام بهذا الوباء، وهو الذي كان يقاتل المولى سليمان على السلطة في هذه الفترة. وكان من القرارات التي أصدرها هذا المجلس في زمن الأوبئة، هو قرار فرض الحجر الصحي على كل الوافدين على طنجة، حيث كان يُفرض عليهم البقاء في منطقة معزولة خارج المدينة تتراوح ما بين 20 و 30 يوما قبل السماح لهم بالدخول، وكان يُفرض على الحجاج العائدين إلى طنجة من مكة إلى الامتثال لهذا الحجر الصحي خارج باب الفحص. لكن رغم هذه اليقظة، فإن الطاعون تمكن من التسرب إلى طنجة، خاصة في سنة 1818 حينما سُمح لسفينة عائدة من الحج كان على متنها ولدي المولى سليمان بدخول المدينة دون حجر صحي فظهر الطاعون بطنجة وقال الناس أن ذلك بسببهم. وعلى العموم فإن هذه الهيئة التي استمرت إلى غاية بدايات القرن العشرين تمكنت في أوقات كثيرة من انقاذ طنجة من أوبئة وأمراض فتاكة كان يمكن أن يكون وقعها مريعا وقويا أكثر مما عاشته المدينة في فترات متباينة.