في تقريره السنوي الأخير ، نشر المجلس الأعلى للحسابات ، حصيلة مراقبته لتسيير البحث العلمي والتكنولوجي بجامعة محمد الخامس خلال الفترة 2012- 2017 . و لاحظ المجلس أن جامعة محمد الخامس لا تتوفر على نظام للمعلومات والتسيير مخصص لتدبير ومراقبة أنشطة البحث العلمي. مشيراً إلى أنه فيما يتعلق بالميزانية، لوحظ أن الوزارة قد قامت باقتناء نظام معلوماتي يحمل اسم “X3 ERP Sage ، الذي تم استعماله، في المقام الأول، بجامعة عبد المالك السعدي في تطوان، على أن يتم تعميمه لاحقا على الجامعات الأخرى ، غير أن جامعة محمد الخامس لم تبادر إلى اتخاذ الخطوات اللازمة للشروع في استخدامه في تسيير ميزانية الجامعة. تقرير المجلس سجل أيضاًَ غياب سياسة واضحة لإدارة المعدات العلمية ، حيث قدمت جامعة محمد الخامس قائمة بالمعدات العلمية والتكنولوجية لأربع مؤسسات فقط، ويتعلق الأمر بكلية الطب والصيدلة، والمدرسة العليا لأساتذة التعليم التقني، والمدرسة العليا للتكنولوجيا، وكلية العلوم. واقتصرت لائحة المعدات التي قدمتها كلية العلوم على المعدات التي يتجاوز سعر شرائها 250 ألف درهم، واحتوت على معدات مزدوجة الإستخدام لكل من التدريس والبحث العلمي. و اشار إلى أن مجموعة من المعدات العلمية التي تتوفر عليها هذه المؤسسات معطلة أو غير مستغلة، كما أن هذه الأخيرة لا تتوفر على عقود صيانة لهذه المعدات. و لاحظ المجلس أن تدبير واستغلال هذه المعدات العلمية يتم في إطار المؤسسات الجامعية، وفي بعض الأحيان ينحصر في إطار الشعب أو حتى المختبرات، مما يؤدي إلى تشتت البنية التحتية التكنولوجية للجامعة، حيث يصعب عليها إنشاء منصات بحثية شاملة. ويعكس هذا الوضع حسب تقرير المجلس الأعلى للحسابات عدم وجود سياسة واضحة إلدارة المعدات العلمية، لا سيما فيما يتعلق بصيانتها واستخدامها بشكل مشترك. المجلس سجل ركوداً في تطور عدد الأساتذة الباحثين بالرغم من توفر جامعة محمد الخامس على أعلى عدد من الأساتذة بالنسبة لكل الجامعات العمومية بالمغرب، إلا أن عددهم لم يتغير بشكل ملحوظ خلال الفترة 2012-2017. و كشف تحليل الهرم العمري للأساتذة الباحثين أن أكثر من 28 %منهم يفوق سنهم 60 سنة ويختلف هذا المعدل بدرجة كبيرة من مؤسسة جامعية إلى أخرى، حيث تم تسجيل 64 %في كلية العلوم القانونية والإقتصادية والإجتماعية أكدال، و51 %في المدرسة العليا للأساتذة، و44 %في كلية العلوم، و40 %على مستوى المعهد العلمي ، مؤكداً أنه في أفق 5 سنوات، ستفقد الجامعة جزءا كبيرا من هيئة التدريس بسبب التقدم في السن والإحالة على التقاعد. تقرير المجلس الأعلى للحسابات ، سجل أيضاً انخفاض الإنتاج العلمي للجامعة ، حيث ذكر أنه في غياب إحصائيات حول الإنتاج العلمي حسب وحدات البحث العلمي و الأساتذة الباحثين كل واحد على حدة، تم التركيز على تحليل الإنتاج العلمي للمؤسسات الجامعية بالنسبة لكل المجالات والميادين العلمية. و تبين انخفاض عدد منشورات الجامعة في المجلات العلمية المحكمة من 1398 سنة 2013 إلى 1200 سنة 2015 ن وقد غطت غالبية هذه المنشورات مجال العلوم والهندسة والطب بنسبة تناهز 94.54 ،% مقابل 4.09 % فقط لتلك التي تغطي مجال العلوم الإنسانية و الإجتماعية. ويعزى ضعف عدد المنشورات في مجال العلوم الإنسانية و الإجتماعية حسب مجلس جطو إلى انخفاض معدل انخراط الأساتذة الباحثين في وحدات البحث على مستوى المؤسسات الجامعية التي تعنى بالعلوم الإنسانية و الإجتماعية، حيث بلغت هذه النسبة في كلية العلوم القانونية و الإقتصادية و الإجتماعية-أكدال 67 % وفي كلية العلوم القانونية واالقتصادية واالجتماعية- السويسي 69 % وكلية العلوم القانونية و الإقتصادية و الإجتماعية-سلا 67 % وكلية الآداب والعلوم الإنسانية 71 % بينما يبلغ المعدل على مستوى الجامعة 75 % وكذلك إلى اعتماد الجامعة للمنشورات العلمية المحكمة من أجل احتساب عدد المنشورات، مع العلم أنها لا تتوفر بكثرة في ميدان العلوم الإنسانية والإجتماعية. المجلس سجل غياب مسطرة محددة ومعممة على جميع مراكز دراسات الدكتوراه التابعة للجامعة، تحدد معايير انتقاء وقبول الطلبة للتسجيل في سلك الدكتوراه. فعلى مستوى مركز دراسات الدكتوراه القانون و الإقتصاد-أكدال، قال تقرير المجلس أن تسجيل طالب الدكتوراه يعتمد على انتقاء أولي على أساس الملف المقدم من طرف المترشحين متبوعا بمقابلة شفوية ، مع الإشارة إلى أن هذه المقابلة لا تعتمدها كل تكوينات سلك الدكتوراه الموجودة في هذا المركز. زيادة على ذلك، لاحظ المجلس غياب معايير لاختيار اللجان التي تشرف على انتقاء وقبول المترشحين، وعدم خضوعها لأي إشراف سواء من طرف مدير مركز دراسات الدكتوراه أو من قبل العميد. وقد أسفرت عملية فحص ملفات بعض المترشحين على ملاحظات منها تحرير محاضر بالإنتقاء وقبول المترشحين على شكل قوائم لأسماء الطلبة المقبولين دون تحديد معايير الإنتقاء المطبقة أو الإجراءات وطرق اشتغال لجان االنتقاء. كما تم تسجيل غياب توقيع محاضر الإنتقاء من قبل جميع الأساتذة المكونين للجان الإنتقاء. فعلى سبيل المثال، تم توقيع محضر انتقاء المترشحين لتكوين سلك الدكتوراه في الإقتصاد برسم الموسم الجامعي 2016/2017 من طرف ثلاثة فقط من أعضاء اللجنة العشرة؛ و عدم الإمتثال لمعايير الإنتقاء المنصوص عليها في النظام الداخلي لمركز دراسات الدكتوراه والملف الوصفي لطلب اعتماد تكوينات الدكتوراه، والتي تقضي بانتقاء الطلبة الحاصلين على أعلى متوسط النقاط في سلك الماستر. و لاحظ مجلس جطو في الموسم الجامعي 2015/2016 ،إقصاء مترشحين حاصلين على معدل نقاط أعلى من مترشحين تم انتقائهم؛ و تسجيل وجود طلاب مسجلين في سلك الدكتوراه لا تظهر أسماؤهم في قائمة المترشحين الذين تم انتقائهم في الإختيار القبلي؛ و تجاوز نسبة 10 % المخصصة للطلاب الأجانب في بعض تكوينات سلك الدكتوراه. تقرير المجلس الأعلى للحسابات سجل تسجيل طلاب الدكتوراه الأجانب دون التوفر على معادلة الشهادات. و ذكر أنه وفقا لمراسلة وزير التعليم العالي رقم 1526/12 المؤرخة في 19 أغسطس 2014 ،والموجهة إلى رؤساء الجامعات، فإن الطلاب الأجانب المنحدرين من الدول التي لم تبرم اتفاق تعاون مع المغرب في مجال البحث يجب عليهم تقديم معادلة للديبلومات التي يتوفرون عليها، والتي تتيح لهم التسجيل في سلك الدكتوراه. إلا أنه لوحظ عدم احترام هذا الشرط على مستوى دراسات الدكتوراه في مركز العلوم والتكنولوجيا للمهندس التابع للمدرسة المحمدية للمهندسين، وكذلك في بعض تكوينات سلك الدكتوراه في مركز دراسات الدكتوراه القانون و الإقتصاد-أكدال، إذ لوحظ تسجيل بعض الطلاب الأجانب في غياب هذه المعادلة. وبالنسبة للطلاب المنحدرين من البلدان التي أبرمت اتفاقات تعاون في مجال البحث العلمي مع المغرب، مثل دول اتحاد المغرب العربي، تشترط هذه المراسلة من رؤساء الجامعات تقديم دبلومات الطلاب المعنيين إلى اللجان العلمية للشعب لدراستها وإبداء آرائها فيها قبل السماح بتسجيلهم غير أنه لوحظ أن الطلاب المنحدرين من هذه البلدان مسجلون دون التوفر على الرأي الإيجابي من هذه اللجان.