تسبب قرار المغرب دمج مياه الصحراء في المياه الإقليمية المغربية في ارتباك كبير داخل قيادة جبهة البوليساريو، دفع قياديين إلى استشارة مسؤلين جزائريين عن كيفية الرد، فيما تعالت أصوات من داخل المخيمات بضرورة التهديد بإعادة الانتشار في منطقة الكركرات، بينما أعلن الجيش الموريتاني مناطقه الحدودية قرب الكركرات منطقة عسكرية محظورة على المدنيين. وبحسب ما أوردته يومية "المساء"، فقد فوجئت قيادة البوليساريو بالخطوة المغربية وارتبكت في الرد، إذ اكتفت في الساعات الأولى التي تلت إعلان الحكومة المغربية للقرار بإصدار بيان يدين الخطوة، قبل أن تدب خلافات حول الرد المناسب على الخطوة في اجتماع لم يخلص لأي شيء. ونقلت منابر الجبهة أن تيارا ينتمي إليها دعا إلى عودة نشر مسلحين في منطقة الكركرات، غير أن الخطوة تبدو مكلفة كثيرا لجبة البوليساريو وهو ما دفع بعض المقربين منها إلى استبعادها في الوقت الذي خففت بعثة المينورسو من تواجدها.