بعث الملك محمد السادس ، ببرقية تعزية إلى أفراد أسرة المرحوم الأستاذ محمد أركون عبر فيها لزوجته الفاضلة، ولكافة أفراد أسرته، ومن خلالهم إلى سائر أهله وأصدقائه ومحبيه، عن أحر تعازيه وصادق مواساته، في وفاة هذا المفكر المجدد . وأكد الملك في هذه البرقية أن الفقيد الكبير "سيظل خالدا في ذاكرة كل من نهل من معين عطائه الفكري الغزير، والمتميز بانتهاج العقلانية، والأخذ بالعلوم الإنسانية الحديثة، في دراسة الفكر الإسلامي. وهو ما جعل منه أحد أعلام الحقل المعرفي العصري، العربي والإسلامي، بل والعالمي ؛ الملتزم بنصرة قيم التسامح والاعتدال، وترسيخ حوار الأديان والحضارات، ونبذ صراع الجهالات". وقال الملك محمد السادس " إننا لنستحضر، بكل تقدير، التزامه بالاندماج المغاربي، وما كان يربطه، رحمه الله، بالمملكة المغربية، من وشائج المودة والتقدير، لما كان يجد في رحابها الجامعية، وأوساطها الثقافية، من فضاء فسيح للتفاعل الفكري المثمر، والنقاش الحر البناء". وعبر الملك عن مشاطرته لأحزان أسرة الراحل في هذا الرزء الفادح ؛ سائلا الله تعالى أن يلهمهم جميل الصبر وحسن العزاء ؛ متضرعا إلى الباري عز وجل، أن يجزي الفقيد العزيز جزاء المجتهدين من أعلام الفكر، وأن يتقبله في عداد الصالحين من عباده، لما أسداه، من جليل الأعمال، ويتغمده بواسع رحمته ومغفرته وعفوه، يوم تجد كل نفس ما عملت محضرا.