Transiger et récupérer les débours de l'État figurent parmi les attributions historiques de l'Agence judiciaire du Royaume. Lorsque la responsabilité de l'État ou de l'administration publique est manifestement engagée, l'AJR tente dans la mesure du possible de résoudre le différend par le biais d'une transaction avec la victime ou ses ayants droit. Dans la même logique de règlement à l'amiable des différends, s'inscrit aussi la récupération des débours exposés par l'État suite aux accidents de la circulation dont sont victimes les fonctionnaires à moins que le règlement à l'amiable s'avère impossible. La transaction s'avère un moyen très approprié pour résoudre les litiges dans lesquels la responsabilité des personnes de droit public se trouve engagée. Ce mode de règlement amiable des litiges permet d'alléger la charge des tribunaux du Royaume en évitant des procédures judicaires longues et coûteuses et favorise un climat de confiance entre l'administration et le citoyen. Dans ce sens, lorsque la responsabilité de l'État s'avère engagée, l'AJR peut transiger avec les tiers dans le cadre du Comité de Contentieux, et ce en application des dispositions de l'article 4 du Dahir du 2 mars 1953 portant réorganisation de l'AJR. Ce comité est présidé par le Ministre de l'Économie et des Finances ou son représentant (Le Directeur des Assurances et de la Prévoyance Sociale), et comprend comme membres les représentants du Secrétariat Général du Gouvernement, de la Direction du Budget, de la Trésorerie Générale du Royaume ainsi qu'un représentant de l'administration concernée par le litige. La procédure de transaction est enclenchée suite à la demande de la victime ou de l'administration concernée par le litige. Généralement, les affaires portent sur la réparation du préjudice découlant d'attentats terroristes, d'explosions de mines antipersonnel ou antichar, voire même de catastrophes aériennes. L'année 2013 a connu le règlement des dossiers concernant les attentats terroristes de Casablanca et de Marrakech, le démantèlement du camp de Gdeim Izik et le crash de l'avion de Tan-Tan. Il est à noter que la cadence des travaux réalisés par le comité du contentieux s'est vu accentuée au cours des deux derniers exercices. En effet, le comité a tenu une vingtaine de réunions en 2013, alors qu'il ne s'était réuni qu'une dizaine de fois en 2012 et uniquement deux fois en 2011.
