لم يسلم "باسم يوسف" مقد برنامج "البرنامج" من المتابعة القضائية، حيث أمر النائب العام المصري"طلعت عبد الله"، بفتح تحقيق قضائي ضده، بتهمة إهانة الرئيس المصري"محمد مرسي". وأشار مصدر قضائي أن النائب العام، طلب من نيابة استئناف القاهرة، فتح تحقيق في البلاغ الذي قدمه أحد المحامي "رمضان عبد الحميد الأقصري". تجدر الإشارة إلى أن "باسم يوسف" خصص الحلقات الأخيرة من برنامجه الأسبوعي، للإسلاميين والرئيس مرسي، بعد القرارات الأخيرة القاضية بتوسيع صلاحيات الرئيس.