استنكر المجلس الأعلى للأزهر برئاسة د أحمد الطيب شيخ الأزهر ، دعوة قس أمريكي لجعل يوم 11 سبتمبر يوما عالميا لحرق المصحف وقال الأزهر فى بيان حصلت "صحيفة الشعلة للإعلام"، على نسخة منه "إن الدعوة لحرق المصحف تصدر عن تعصب مقيت وجهل بالإسلام وقيمه ومحاولة مشبوهة للإساءة للمسلمين في أعز مقدساتهم. وأكد د محمد رفاعة الطهطاوى المتحدث باسم الأزهر أن دعوة حرق المصحف أنما تصدر عن تعصب مقيت وتحض على الكراهية وازدراء الأديان وهى محاولة للإساءة للمسلمين وتمييز بين مسلمى أمريكا وغيرهم ، وقد نهت قوانين حقوق الإنسان والمواثيق الدولية عن هذا التمييز ، فمثل هذه الدعوة تخالف القوانين المعمول وتخالف القرارات الصادرة من الأممالمتحدة باحترام الأديان". وأوضح البيان "أن المجلس الأعلى للأزهر يؤكد أن مثل هذه الدعاوي المشبوهة لن تضر الإسلام شيئا وأن القرآن الكريم بقي محفوظا علي مدي القرون وسيبقي محفوظا إلي يوم القيامة مصداقا لقول الله تعالى "انا نحن نزلنا الذكر وانا له لحافظون ". وشدد بيان الأزهر على أن الحضارة الإسلامية لا تعرف حرق الكتب ولا مصادرتها وانما كان دأبها الاحتفاء بهذه الكتب وكل ما هو منتج حضارى ، بل أن أوروبا نفسها لم تكن لتعلم تراثها لولا ترجمات المسلمين لكتبهم ". الجهل بالاسلام وحذر الأزهر من أن المسلمين لا يمكن أن يقبلوا الإساءة للقرآن الكريم داعيا عقلاء أوروبا والمستنيرين منهم وذوى الضمائر الحية الى أن يبادروا بالرد على هذه الدعاوى الخرقاء كما فعلت الكنائس الإنجيلية بمصر داعيا بقية الطوائف المسيحية الأخرى أن تسلك نفس المسلك ، كما دعا الأزهر سائر الكنائس المسيحية في العالم إلي إعلان استنكارها وإدانتها لهذه الدعوات القبيحة. ".كما أدان مجلس الأزهر بشدة ما صدر عن القس، واعتبر ذلك دعوة تصدر عن جهل بالإسلام وقيمه، وتحمل ازدراء للأديان، ورفضا للآخر. وقال السفير محمد رفاعة الطهطاوي المتحدث باسم الأزهر" إن الكنائس الإنجيلية فى مصر أصدرت بيانا استنكرت فيه هذه الدعوى ووصلت نسخة منه الى الإمام الأكبر شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب وقد دعت الكنائس الإنجيلية فى مصر كل الكنائس المسيحية إلي إعلان استنكارها وإدانتها لهذه الدعوات البغيضة. وكان القس تيري جونز دعا إلي إحراق نسخ من القرآن الكريم أمام أبواب كنيسة فلوريدا في الذكري السنوية لهجمات سبتمبر.، واتهم جونز الإسلام والشريعة بالمسئولية عن الأحداث. الكنائس الإنجيلية بمضر تدين الدعوى وأدانت الكنائس الإنجيلية بمصر دعوة قس أمريكي بولاية فلوريدا الأمريكية الى حرق المصاحف فى ذكرى هجمات الحادي عشر من سبتمبر ، وقال د أندريه زكى نائب رئيس الطائفة الانجلية بمصر فى بيان تلقت "صحيفة الشعلة للإعلام"، نسخة منه جاء فيه. "أن الكنائس الإنجيلية بمصر ستبذل كل جهد ، بالتعاون مع نظرائها في أمريكا و العالم ، لتقويض مثل هذه الأفكار المتطرفة التي لا تنتج إلا التوتر والمزيد من العنف بين البشر من خليقة الإله الواحد الذي نعبده جميعًا". وأضاف "أن هذه الدعوة مرفوضة تماما وأن الكنائس الإنجيلية بمصر مستاءة جدا من هذه الدعوة ، التى ونحن جميعا نعبد الها واحدا ونرفض جرح مشاعر أخوتنا المسلمين ". وقال البيان " تلقت الكنائس الإنجيلية بمصر بانزعاج شديد أخبار دعوة قس أمريكي بولاية فلوريدا الأمريكية لحرق المصاحف في ذكرى هجمات الحادي عشر من سبتمبر. والكنيسة إذ تأسف بشدة لهذا الفكر الهدام تعلن رفضها الكامل لأي تطاول على أديان ومعتقدات الآخرين، الأمر الذي يتنافى تمامًا مع تعاليم السيد المسيح والتي تحض على محبة واحترام الآخر أيا كان انتمائه ودينه واعتبار كل إنسان أخ في البشرية".