في وقت ينافس فيه الرجاء على احتلال رتبة متقدمة في البطولة الاحترافية، أصدرت محكمة التحكيم الرياضي “الطاس”، حكمها في قضية المدرب امحمد فاخر في ملف نزاعه مع الرجاء، بأداء مبلغ 520 مليون سنتيم مع تكاليف مصاريف الدعوى. ويبدو أن الملف الذي حسمته محكمة التحكيم الرياضي لفائدة فاخر، يعود للانفصال بين الطرفين في ماي 2017، نتيجة تشنج العلاقة بين فاخر والرئيس السابق حسبان، في فترة عاشت فيها الرجاء أزمة خانقة بسبب تراكم الديون وتأخر مستحقات اللاعبين والمستخدمين إضافة إلى تراكم قضايا نزاعات الفريق لدى الجامعة والفيفا والقضاء. هي رحلة انتهت في المحكمة، وبدأت بتعاقد المكتب المسير برئاسة سعيد حسبان مع المدرب فاخر في غشت 2016 خلفا للمدرب رشيد الطاوسي، بعقد مدته ثلاثة مواسم، يستفيد فيه من أجر شهري يناهز 25 مليون سنتيم وشروط أخرى من بينها أن الطرف الذي يفسخ العقد في الموسم الأول يؤدي للآخر تكاليف مدة العقد، ومن يفسخ العقد في الموسم الثاني يؤدي للآخر مقابل أجر ثلاثة أشهر. وفي شهر مارس، أعلن امحمد فاخر استقالته ومنح المكتب المسير مهلة للبحث عن مدرب بديل، قبل أن يتمكن من استرجاع وثيقته الأصلية بتدخل من مسير سابق من الحكماء، بينما احتفظت إدارة الفريق بنسخة عادية منها. ومباشرة عند إنهاء فريق الرجاء آخر مباراة له في الدوري منتصرا على الدفاع الحسني الجديدي بحصة 4 – 0، أعلن الفريق يوم 26 ماي 2017 على موقعه الإلكتروني انفصاله عن فاخر، علما أن الموسم ينتهي في 30 يونيو. وإعتبر المدرب القرار إقالة، وحول ملفه إلى لجنة النزاعات بجامعة كرة القدم يطلب مقابل أجر أربعة أشهر (100 مليون سنتيم) ومنح المباريات العالقة (12 مليون سنتيم) ومنحة عن الرتبة الثالثة التي احتلها الفريق في الدوري (30 مليون سنتيم)، إضافة إلى تعويض مالي عن المدة المتبقية في العقد الذي ينتهي في يونيو 2019، مما يرفع حقوق فاخر إلى ما يناهز 800 مليون سنتيم. وبعد فترة قضت لجنة النزاعات بجامعة كرة القدم بأن يؤدي امحمد فاخر ل الرجاء مبلغ 75 مليون سنتيم من مستحقاته ويستفيد فقط من مبلغ 63 مليون سنتيم باعتباره استقال من مهمته. فرفض القرار و نقله إلى لجنة الاستئناف التي أيدته بدورها، قبل أن يختار اللجوء إلى محكمة التحكيم الرياضي بسويسرا في أكتوبر 2017، مؤديا تكاليف تفوق 60 مليون سنتيم لتقديم شكايته لدى الطاس، قبل أن يتم إصدرا الحكم النهائي مؤخرا.
