دعا مؤتمر القدس السادس الحكومات العربية والاسلامية الى كسر الحصار على فلسطين ورأب الصدع الفلسطيني، واستنكار الحفريات التي تجريها السلطات الاسرائيلية تحت المسجد الاقصى، مع الاجماع على ان تتراجع الخلافات المذهبية بين السنة والشيعة الى مرتبة ثانوية امام القدس. ودعا البيان الختامي للمؤتمر الذي بدأ الاحد في الدوحة الأمة العربية والإسلامية وحكامها إلى تحدي الخوف وكسر الحصار الظالم على فلسطين وعلى قطاع غزة بصورة خاصة. كما دعا البيان الختامي للمؤتمر الى مساعدة الشعب الفلسطيني على تخطي حالة الانقسام الخطير التي يعانيها، مطالبا في هذا المجال بمبادرات طيبة ومؤتمرات للمصالحة لرأب الصدع وإنهاء الانقسام بين حركتي فتح و حماس. على صعيد اخر، استنكر المؤتمر الحفريات الجارية تحت المسجد الأقصى، ولا سيما في المنطقة الجنوبية والغربية منه، إضافة إلى الاعتداء على مقبرة الرحمة، شرق المسجد ومحاولة فرض الطابع اليهودي عليها، والتدخل المباشر في عمل دائرة الأوقاف الإسلامية وفي حركة المصلين، كما جاء في البيان. واعتبر المؤتمرون ان القدس رمز لإجماع الأمة وان نجاح المواجهة مع الاحتلال الصهيوني يحتاج إلى وحدة الأمة، وبالتالي فإن الخلافات السياسية والدينية والمذهبية يجب أن تتراجع إلى مرتبة ثانوية من أجل مواجهة الاحتلال وغطرسته. ونبه البيان الختامي للمؤتمر الى ان الإعلان عن القدس عاصمة للثقافة العربية لسن2009، يشكل تحديا حقيقيا أمام الأمة العربية، بكل أطيافها ومكوناتها، الرسمية والشعبية ولذا فإن المؤتمر يدعو إلى تنظيم أوسع الفعاليات الثقافية الرسمية والشعبية، وإلى أكبر مشاركة في هذه الفعاليات، التي ستقام في مختلف العواصم العربية من أجل القدس.