أثارت التعاونيات الفلاحية لجمع وتصنيع الحليب ومشتقاته من جديد موضوع إخضاعها للضريبة على القيمة المضافة والضريبة على الشركات، بموجب القانون المالي لسنة .2005 وهو ما دفع الاتحاد الوطني للتعاونيات الفلاحية للحليب إلى دعوة الحكومة إلى حل الإشكالات التي تعاني منها التعاونيات، والعدول عن قرار فرض الضريبة على التعاونيات. هذا الأخير اعتبره الاتحاد تم دون سابق إنذار، ودون إعادة تأهيل القطاع التعاوني. وإذا كانت التعاونيات بشكل عام معفاة من الضرائب بموجب ظهير 84 23 المنظم لها، فإن خلفيات القرار الحكومي بفرض الضريبة على القطاع تكمن في أن عددا من الشركات الصناعية، والتي تقوم بتحويل المادة الأولية تختفي في شكل تعاونيات لتتهرب من دفع الضرائب، مما يخلف نوعا من المنافسة غير الشريفة مع شركات ومؤسسات صناعية تعمل في القطاع نفسه. في حين اعتبرت تعاونيات الحليب أن القرار الحكومي الذي ألزم التعاونيات الصناعية التي تحقق رقم معاملات يفوق ملياري درهم في السنة بدفع مستحقات الضريبة على القيمة المضاعفة والضريبة على الشركات، لعبت فيه بشكل كبير ضغوطات لوبي يعمل في مجال التحويل الصناعي لمادة الحليب ويؤمن حوالي 50% من هذه المادة بالسوق المغربية. وباستهداف الحكومة لجزء من التعاونيات التي لا تختلف عن الشركات الصناعية إلا في الشكل القانوني، وهو ما اعتبرته تهربا من دفع الضرائب، فإن القرار قد يضر بمجمل التعاونيات التي لها دور اقتصادي واجتماعي بالغ الأهمية، لاسيما في الوسط القروي، مما يجعل منها حلقة مهمة في ما يسمى بالاقتصاد الاجتماعي ذي الدور بالغ الأهمية في مجال التشغيل (4800 منصب و200 ألف منخرط) والمساهمة في إعادة توزيع الدخل وفي التنمية البشرية. وعلى الرغم من ممارسة بعض التعاونيات المستهدفة بالقرار نشاط الصناعة التحويلية وتحقيقها رقم معاملات سنوي مهم، فإن اتحاد التعاونيات الفلاحية للحليب يرد على ذلك بكون الربع المستخلص من النشاط لا يذهب إلى تنمية دخل الأعضاء، وأغلبيتهم من الفلاحين الفقراء، بل يعاد دمجه في مجال الاستثمار قصد رفع الإنتاجية وتنمية الثروة الحيوانية باعتبارها الرأسمال الرئيسي في إنتاج المادة الأولية.