إن التخلص من الأدوية أصبح مشكلة تؤرق علماء البيئة والمختصين بهذا الشأن، ومن المعروف أن العامة يلقون بالدواء إما في كيس القمامة أو في حوض المياه أو المراحيض وفي كليهما خطر؛ فإلقاء الدواء في القمامة بشكل ظاهر دون إغلاق كيس القمامة قد يؤذي التربة إذا ما وصل إليها، كما قد يؤذي الحيوانات التي قد تتناولها. أما إلقاء الأدوية في أحواض المياه أو المراحيض فهذا قد يمثل خطورة أكبر على البيئة، وهناك مخاوف من أن تصل مكونات الأدوية والمواد المحللة منها إلى مياه الشرب أو الري. وهناك من الأدوية ما يعتبر من المخلفات الخطرة مثل الهرمونات، والوارفارين، وأدوية السرطان والتي إذا ما تراكمت في البيئة المحيطة فسوف تتسبب في العديد من الأمراض التي قد تمتد إلى أجيال بعيدة. إن سوء التخلص من الأدوية، ووجود مخلفات الأدوية في البيئة المحيطة خصوصاً المياه له تأثيرات خطيرة على الصحة العامة للإنسان إذ يزيد من العقم، والتشوهات الخلقية، والسرطانات الناتجة عن الهرمونات مثل سرطان الثدي والبروستات وكذلك الأمراض العصبية لدى الأطفال. ووجود متحللات الهرمونات في مصارف المياه قد يكون له تأثير على الأجيال القادمة، حيث تتداخل مع الوظائف الطبيعية للغدد الدرقية، والأدرينالية، والمبايض، وتؤثر على التكاثر، والتطور، والسلوك.ووجود المضادات الحيوية في المياه يزيد من مقاومة البكتيريا لهذه المضادات الحيوية حيث أجريت العديد من الدراسات على بعض الأنهار في الولاياتالمتحدة، ووجد أن العينات التي تحتوي على نسب عالية من المضادات الحيوية، تحتوي أيضاً على بكتيريا ذات مقاومة عالية لهذه المضادات، وهذا أمر في غاية الخطورة.