خلف قرار تعيين الاتحاد الإفريقي موفدا لنزاع الصحراء المغربية استياء كبير في نفوس أعضاء المركز الوطني للتنمية والوحدة الترابية، حيث اعتبره الطاهر أنسي رئيس المركز بكونه " قرارا يقوى حظوظ الانفصال ويدعم الإرهاب بمنطقة الساحل والصحراء، إذ لا يعقل أن يتدخل في تسوية النزاع المفتعل من يعترف بالانفصال ويقبل به في ضرب صريح لسيادة المغرب ووحدته الترابية بناءا على حسابات سياسوية". ومن جانب أخر اعتبر الطاهر أنسي في حديثه لشبكة أندلس الإخبارية، " أن أجهزة الاتحاد الإفريقي تساهم بشكل مباشر في دعم الانفصال وعرقلة مسلسل البحث عن حل سياسي نهائي للنزاع الإقليمي حول الصحراء المغربية تحت إشراف منظمة الأممالمتحدة، وتبقى القضية الوطنية قضية الشعب المغربي ولا يحق للاتحاد الإفريقي التدخل فيها، بأي شكل من الأشكال". وأكد أنسي " أن عمل الاتحاد الإفريقي، في حال وجود رغبة تحصين القارة الإفريقية من الحركات الطائفية والإرهابية، والمساهمة في النهوض بحقوق الإنسان والتنمية المستدامة والأمن، يجب أن يتمركز على المساهمة في الحد من الأعمال غير الإنسانية، غير القانونية وغير الشرعية التي تمارس على المغاربة الصحراويين المحتجزين بمخيمات تنذوف، وأن تنظر لمستقبل إفريقيا كما ينظر إليه المغرب". وبالنسبة لرئيس المركز " فإن قرار تعيين الإتحاد الإفريقي موفداً لنزاع الصحراء هو إعلان عدائي مسبق على وحدة المغرب الترابية، وتأكيد صريح لعدم حياد المنظمة الإفريقية ".