سجل المجلس الأعلى للحسابات ضعف نسبة تغطية مصاريف العلاجات الطبية المتحملة من طرف الصندوق الوطني للضمان الاجتماعي، لفائدة أجراء القطاع الخاص. فنسبة هذه التغطية حددت في 70 في المائة من التعريفة المرجعية الوطنية بالنسبة للأعمال الطبية ومن ثمن البيع للعموم بالنسبة للأدوية. وترفع هذه النسبة إلى 90 في المائة بالنسبة للمؤمنين المصابين بالأمراض المزمنة أو المكلفة، عندما تقدم الخدمات المتعلقة بها بالمستشفيات العمومية. أما بعض الآلات والمستلزمات الطبية فتتم تغطيتها في شكل مبلغ جزافي. إلا أنه لوحظ أن نسبة التغطية الفعلية لمصاريف العلاج التي يؤديها المؤمن تبقى دون مستوى النسبة القانونية. حيث لا تأخذ هذه النسبة بعين الاعتبار المبالغ المؤداة من طرف المواطن المؤمن غير المصرح بها لدى الصندوق الوطني للضمان الاجتماعي، والمتعلقة بالمبالغ المؤداة في الخفاء أو بدون فاتورة. وتختلف نسبة التغطية الفعلية من خدمة طبية لأخرى، حيث تتراوح بين 19 في المائة بالنسبة للنظارات الطبية و69 في المائة بالنسبة لخدمات الاستشفائية. وعلى سبيل المقارنة، فإن نسبة تغطية مصاريف العلاجات الطبية تبلغ 80 في المائة في دول منظمة التعاون والتنمية الاقتصادية، حيث لا تتجاوز التكاليف الباقية على عاتق المؤمنين نسبة 20 في المائة، ويرجع ضعف نسبة التغطية الفعلية لمصاريف العلاجات الطبية المؤداة من قبل المؤمنين مقارنة مع النسبة القانونية، إلى كون أسس احتساب التعويض أقل بكثير من التكاليف الحقيقية التي يفرضها مقدمو الخدمات الطبية. حيث يتم احتساب التعويض عن المصاريف المرتبطة بالأعمال الطبية على أساس التعريفة المرجعية الوطنية، والتي لم يتم مراجعتها منذ دخول نظام التغطية الصحية حيز التنفيذ. أما بالنسبة للأدوية، فيتم احتساب التعويض عن مصاريفها على أساس أثمنة الأدوية الجنيسة عوض الأدوية الأصلية، كيفما كان الدواء الموصوف من قبل الطبيب المعالج، علما أن أثمنة بعض الأدوية الجنيسة تقل بكثير عن أثمنة أدويتها الأصلية.