أزيد من 600 شخص قتلوا، وأكثر من 9000 سجنوا وعذبوا في معتقلات سرية، وأزيد من 200 امرأة اختطفن وهتكت أعراضهن، كانت هذه حصيلة عمليات الاغتيالات والقتل التي عرفتها السنوات الأولى لاستقلال المغرب، حسب ما ذكره محمد بن عبد الكريم الخطابي في رسالة بعث بها إلى محمد حسن الوزاني، الأمين العام لحزب الشورى والاستقلال وقتها.بينما ذكر تقرير هيئة الإنصاف والمصالحة 39 وفاة خلال السنوات الأولى للاستقلال في سياق «الصراعات بين فاعلين غير دولتيين». بعدما ذكر محمد بن عبد الكريم الخطابي، في رسالته المؤرخة في 27 يوليوز سنة 1960، أسماء أزيد من 64 معتقلا سريا خصصت للتعذيب والتنكيل، قال إن عدد «الذين عذبوا في هذه المعتقلات الجهنمية التي ذكرناها بالضبط والتدقيق (9672) كلهم معروفون بالاسم واللقب والعمر والمهنة وحتى الحالة المدنية، لا يتسع المجال لذكرهم في هذه الآونة». أما عدد الذين أطلق سراحهم، حسب الرسالة، فبلغ 6520 شخصا إلى غاية (26/02/1960)، وجلهم مشوه ومبتور الأعضاء التناسلية أو الأرجل أو العيون أو الأذن. ففي تيزي أوسلي بقبيلة كزناية، حشروا 82 ضحية في كهف يقع في طريق تيزي أوسلي – تالة مغيث، واروا عليهم الكهف وهم أحياء بعدما عذبوهم ونكلوا بهم. وفي أجدير بقبيلة بني ورياغل بمقاطعة الريف الوسطى، حشروا 75 ضحية وقتلوهم رميا بالرصاص بعدما عذبوهم وشوهوهم، وكانوا يدفنونهم ليلا في أماكن مختلفة. وفي أربعاء تاوريرت ببني بوعياش بقبيلة بني ورياغل بمقاطعة الريف الوسطى، حشروا 35 ضحية، قضوا فيها ثلاثين شهرا كلها تعذيب وتنكيل، وأخيرا قتلوهم عن آخرهم، وبالضبط نقلوهم من هناك ليلة 06/10/1958 وقتلوهم ليلة 07/10/1958 بغابة على شاطئ بقبيلة بقيوة، وكلهم من أبناء الجنوب. وفي المعهد الديني بالحسيمة، قتلوا 25 شخصا ودفنوهم في نفس المعهد . وفي جنان بريشة بتطوان الذي اعتبر في الدرجة الأولى من المعتقلات الجهنمية، اغتالوا 120 مجاهدا بعدما عذبوهم وشوهوهم. وفي بئر بضواحي مدينة الناظور بمقاطعة الريف الشرقية حشروا 30 ضحية وواروهم التراب. وفي كوميسارية الدائرة السابعة بالدار البيضاء، قتلوا رميا بالرصاص 90 ضحية، ودفنوهم في ضواحي المدينة، وما زال بعض الحراس الذين شاهدوا ذلك بأعينهم أحياء يرزقون ويعيشون في مدن وجدة ومكناس وطنجة والرباط. وفي مكان يبعد عن الرباط بثمانية كيلومترات في طريق تمارة، أقبروا 92 ضحية أحياء بعدما جعلوهم يحفرون قبورهم بأيديهم. وفي كلميم بسوس، أقبروا 65 ضحية بعدما عذبوهم وشوهوهم وبتروا أعضاءهم. أما النساء ضحايا هذه المرحلة التاريخية، فقدرتهم رسالة الخطابي ب235 امرأة، حيث قال: أما المختطفات من بنات المغرب العزيز، فلقد بلغ عددهن 235 ما بين متزوجات وأبكار، ومن الشمال فقط اختطفوا 75 وحشروا منهن 25 في دار معروفة بحومة سانية الرمل بتطوان، حيث ظلوا يترددون عليهن صباح مساء لهتك أعراضهن، إلى أن اختفين نهائيا من الوجود. وفي عزبة معروفة على شاطئ وادي ورغة، حشروا 15 أنثى لنفس الغرض والغاية، وهو هتك أعراضهن. وفي دار معروفة ومشرفة على مدينة الحسيمة بالريف الأوسط، حشروا 15 لنفس الغرض، وقد استطاعت ثلاث منهن أن ينجين بأرواحهن إلى مدينة سبتة. ومنذ إعلان الاستقلال إلى غاية أبريل سنة 1959، بلغ عدد من دخل السجن 80 ألفا وزعوا على السجون المركزية في المدن والصحاري والقفار، منها في الشمال فقط 2342. أما مساجين أحداث الشمال في بداية سنة 1959، فبلغ عددهم 8420، أطلق سراح 5431 بعدما «ذاقوا ما لا يوصف من أنواع التعذيب والتنكيل في المعتقلات العسكرية التي كانوا يحيطونهم فيها بالأسلاك الشائكة، وحكم على 323 بأقسى حكم»، حسب نص الرسالة. أما المبعدون إثر حوادث الريف فقط، فقد بلغ عددهم 542 موزعين على «إسبانيا وإيطاليا والجزائر وألمانيا وجهات أخرى معروفة»، والمسجونات والمعتقلات بلغ عددهن 110 أطلق سراح 95 منهن فقط. والمعلومات التي وردت في نص الرسالة لا تعبر عن الحقيقة المطلقة، حسب ما أورده الخطابي في رسالته، حيث قال: «وليس معنى ما ذكرناه أننا قد أفرغنا كل ما في جعبة معلوماتنا التي تأكدت لدينا، وإنما هناك ما هو أكثر خطورة وأكبر جسامة، ولكن توخينا ألا نذكرها الآن، عل وعسى أن تتبدل الأوضاع في صالح الأمة المغربية، فحينئذ نرى من الأحسن والأفضل ألا نبينها، محافظة على وحدة الأمة». إخراس الرأي الآخر هذه الأحداث كانت حاضرة في تقرير هيئة الإنصاف والمصالحة، في فصله الرابع الذي تحدث حول «مجهولي المصير وحالات خاصة»، الذي أشار إلى أن ما توصلت به الهيئة من “طلبات ومن خلال ما كتب من مذكرات ومؤلفات عن هذه الفترة، وهو قليل وموسوم بسمات الشهادة الفردية أو النظرة الحزبية أو الخطاب التقريري المنتصر لطرف أو آخر، أن أغلب ضحايا هذه الفترة ينتمون إلى حزب الشورى والاستقلال أو جماعات أخرى معارضة أو إلى المجموعات السرية المسلحة التي عرفت بموقف معارض لاتفاقيات «إيكس ليبان». وتطرق التقرير إلى أن «الصراع اتخذ طابعا دمويا بشكل متسارع؛ فبعد شهرين وبضعة أيام من إعلان الاستقلال، وفي يوم 23 يناير 1956، وقعت مواجهات دموية بسوق أربعاء الغرب بين أعضاء من حزب الاستقلال وحزب الشورى والاستقلال، كانت حصيلتها أربعة قتلى وثلاثين جريحًا من مختلف الأعمار، تبعتها أحداث دامية أخرى بالعرائش، ذهب ضحيتها عدد من المواطنين، تم تعذيبهم وشنقهم والتمثيل بجثثهم. وسرعان ما انطلقت حملة الاختطافات والتصفيات التي ذهب ضحيتها عشرات الأشخاص». كما شهد العالم القروي، في نفس السياق، توترات وتمردات في مواجهة ما اعتبر سياسات تهميش من طرف الإدارة المركزية الجديدة. وجزمت الهيئة في تقريرها بأن ما حدث يشكل انتهاكات خطيرة لحقوق الإنسان والثابت أن عددا كبيرا من المواطنين كانوا ضحايا لجرائم الاختطاف والاحتجاز والتعذيب والاغتيال، وذلك بسبب انتمائهم إلى مجموعة سياسية (حزب الشورى والاستقلال أساسا)، أو إلى مجموعة تنتمي إلى حركة المقاومة أو بسبب اعتبارهم خونة ومتعاملين مع السلطات الاستعمارية. وقد قامت الهيئة بزيارة العديد من مراكز الاحتجاز والمعتقلات السرية.