عرف عن الراحل أواسط الثمانينيات، إلى جانب ثلة من الوطنيين بكل من سبتة ومليلية مواجهة مخطط "أسبنة" المدينتين الذي دشنته الحكومة الاشتراكية الإسبانية بقانون الأجانب، وأتبعته بمسلسل فك الارتباط الديني لمغاربة المدينتين عن مؤسسة إمارة المؤمنين والإشراف الديني لوزارة الأوقاف والشؤون الدينية، بتشجيع ودعم حركات دعوية لا تؤمن بأسس الدولة الوطنية. وظل الراحل يناضل من أجل تثبيت أسس ومرتكزات الهوية الوطنية المغربية بالمدينتين، من خلال ترؤسه لفيدراليات الهيئات والمنظمات الإسلامية (فيري)، التي أسسها وظل يترأسها إلى حدود 2012. كما كان من مؤسسي المفوضية الإسلامية الإسبانية المعروفة، التي شغل بها منصب الكتابة العامة، وكان ضمن لجنة الحوار التي حاورت الحكومة الإسبانية بغرض إبرام اتفاقية سنة 1992 التي بموجبها حصل تمتيع الجالية المسلمة ببعض الحقوق. وقاد محمد علي حامد، إلى جانب ثلة من مغاربة إسبانيا، في العشر سنوات الأخيرة، مواجهة ضد تحالف تأسست ملامحه بين اليمين واليمين المسيحي من جهة، وجماعة "الدعوة والتبليغ" من جهة ثانية، للنيل من نموذج الإسلام المغربي، الذي ظل مسلمو إسبانيا إلى جانب مسلمي سبتة ومليلية يعتمدونه، منذ مئات السنين، كإطار ديني متشبع بمبادئ المذهب المالكي السني والعقيدة الأشعرية. كما قاد أضخم المظاهرات المناصرة للقضية الفلسطينية والمناهضة لاحتلال العراق. وكان آخر نشاط شارك فيه الراحل بمناسبة مرور 600 سنة على احتلال سبتة، في منزل علي الريسوني بشفشاون، خلال الأسبوع الأخير من غشت الماضي. وكان "المركز المغربي للدراسات والأبحاث في وسائل الإعلام" كرم الحاج محمد علي، بعدما أصدرت السلطات الإسبانية في حقه المنع من إدلاء بتصريحات لوسائل الإعلام الإسبانية.