محور النيابة العامة كان محورا ساخنا بكل المقاييس, نظرا لأهمية الموضوع وجديته إلى درجة أن بعض المتدخلين اعتبر إدراج مناقشة موضوع»النيابة العامة»في الحوار الوطني سابقة أولى في تاريخ القضاء بالمغرب،على اعتبار الوظيفة التي كانت ولازالت تشغلها النيابة العامة بالنسبة لأجهزة الدولة, فهي الواجهة التي تمرر من خلالها التعليمات إلى درجة أن القضاء يمس دائما في استقلاليته من خلال هذه المؤسسة... وما من نقطة عرفت نقاشا ساخنا وحادا وصريحا،في الحوار الوطني لإصلاح منظومة القضاء بالمغرب أكثر من النقطة المتعلقة باستقلالية مؤسسة النيابة العامة عن السلطة التنفيذية بمن فيها رئيسها(وزير العدل) وجميع الأجهزة الأمنية بما فيها الضابطة القضائية والأجهزة السرية واستقلاليتها أيضا عن تعليمات أم الوزارات (وزارة الداخلية). ودعا المتدخلون في جلسة صباح يوم السبت 12يناير2013،إلى ضرورة إصلاح مؤسسة النيابة العامة أولا قبل الحديث عن أي إصلاح قضائي بالمغرب, لأنها المدخل الحقيقي لأي أصلاح خاصة أن أغلب القضايا الحساسة ذات الطبيعة السياسية والمتعلقة بالرأي والتعبير والجرائم المالية الكبرى واختلاسات الأموال العمومية وغيرها تحسمها هذه المؤسسة قبل القضاء الحاكم بدليل أن النيابة العامة تستأنف حكم القاضي قبل قراءته وهذا ما يبين بالملموس أن مهام النيابة العامة ليست مهاما قضائية على الإطلاق. لذلك يجب فك الإرتباط بين النيابة العامة وبين السلطة التنفيذية التي يمثلها وزيرالعدل من جهة وتحديد وظيفتها في إطارإصلاح منظومة القضاء لتكون تابعة للرئيس الأول لمحكمة النقض وتخضع للمراقبة والمحاسبة في إطار تفعيل مبدأ ربط المسؤولية بالمحاسبة،وهذا يستوجب في نظر المتدخلين من قضاة ومحامين مراجعة النصوص المنظمة لضمان استقلالية النيابة العامة تنظيميا وماليا على غرار ما هو معمول به مثلا في فرنسا وأمريكا. وكان مبرر دعاة إصلاح النيابة العامة وفصلها عن وزيرالعدل وتمييزها في مجال القضاء عن السلطة القضائية(القضاء الحاكم)هو أن النائب طرف وخصم في النزاع ولديه من المجتمع الذي ينوب عنه وبالتالي فقضاة النيابة العامة ليسوا قضاة في نظر هؤلاء لأن ليست لهم علاقة بالحكم. وبالتالي, لابد في إطار الإصلاح من تغيير تسمية قضاة النيابة العامة أولا وفك الإرتباط بينهم وبين أية سلطة لأن في هذا مس باستقلالية النيابة بدليل أنها كانت ولازالت تتلقى تعليمات من خارج سياسة الحكومة وهذا تجاوز خطير بطبيعة الحال لسلطة وزير العدل،واستدل دعاة الفصل بين قضاة النيابة العامة وقضاة الحكم على التجربة الفرنسية التي تفصل بين الجهازين من ناحية الهيكلة والقوانين المنظمة والسلطة المخولة لكل جهاز. لكن البعض يرى أن الفصل بين القضاء الحاكم وقضاء النيابة العامة وكذا فصل هذا الأخيرعن وزير العدل فيه مغامرة خطيرة،لأن ذلك يروم في النهاية سحب البساط من الحكومة التي يمثلها وزير العدل المعين ضمن الحكومة،وخاصة أنها وضعت ضمن أجندتها محاربة الفساد واقتصاد الريع،زيادة على كون النيابة العامة تنفذ السياسة الجنائية للدولة التي ترسمها الأحزاب في المجال الإجتماعي والإقتصادي،وبالتالي لايمكن أن نتحدث عن استقلالية النيابة العامة عن السلطة التنفيذية مادامت تنفذ السياسة الجنائية للحكومة... بيد أن هذا الرأي رد عليه البعض مرة أخرى بكونه ليس مبررا كافيا لمنع فك الإرتباط بين المؤسستين في سياق الإصلاح المرتقب لأكبرسلطة في البلدان الديمقراطية وأعطى نموذجا بالنظام القضائي الأمريكي حيث يعين رئيس النيابة العامة وزيرا للعدل ضمن الحكومة من قبل رئيس الدولة،لهذا لابد من تنزيل الدستورفي قواعده التنظيمية لإصلاح النيابة العامة لأن استقلالية القضاء الحاكم يبدأ أولا باستقلالية النيابة العامة نظرا للسلطة الكبيرة المخولة لهذا الجهاز. وذهب رأي ثالث إلى أن الإصلاح الحقيقي ينبغي أن ينصب أساسا على القضاء الحاكم لأنه هو الذي يحسم في النزاع ويفصل فيه،ولا داعي لإطالة النقاش حول استقلالية النيابة العامة التي يأمل منها الجميع أن تكون خصما شريفا من أجل حماية المشروعية ورعاية المصلحة العامة،لا أن تهيمن على بعض الملفات والقضايا ذات الطبيعة السياسية وذات الحساسية.