منذ أن دخلت العلاقات الجزائرية المغربية نفقت الأزمة والتوتر الدبلوماسي وعسكري، وتُرجم في قطع الجزائر كافة علاقاتها بشكل أحادي مع الرباط، درج مسؤولو النظام السياسي في الجارة الشرقية على التذكير بالأحداث التي أدت في منظورهم إلى اندلاع الأزمة مع المملكة المغربية، على غرار التصريح الأخير والمثير للجدل لصالح قوجيل رئيس مجلس الأمة الجزائري الذي تحدث عن أثر حرب الرمال مع المغرب غداة استقلال الجزائر، في عقيدة الجيش والتحولات التي صاحبتها. ووصف قوجيل الذي يصنف الرجل الثاني في الجزائر ضمن منتدى لوكالة الأنباء الرسمية، المغرب بالبلد الذي أطلق شرارة حرب الرمال سنة 1963، قائلا "المغرب يومها كان يعول على الخلافات التي كانت بين قادة الثورة الذين جابه الجيش المغربي بتلاحمهم ودفاعهم عن الوطن".
ودعا المسؤول الجزائري إلى "استرجاع مبادئ التلاحم واستخلاص الدروس والعمل بها"، مضيفا في حديثه إلى الانتباه لما وصفها بمحاولات ضرب استقرار الجزائر والنيل من مواقفها الداعمة للتحرر، مشددا أن تلك الفترة كان لها انعكاس في "تحوير جيش التحرير الوطني إلى الجيش الوطني الشعبي".
ويحاول المسؤول الجزائريون استثمار حرب الرمال وتداعياتها على صناعة القرار السياسي والعسكري في البلاد، خاصة وأن الدبلوماسية الجزائرية تركز في شقها الكبير على المغرب والصراع معه بشأن أحقية المملكة الشرعي والتاريخي والقانوني في سيادتها على كامل ترابها جنوبا.
وبالبعودة إلى سياق حرب الرمال سنة 1963، فقد عمد الاستعمار الفرنسي إلى تحييد منطقتي تندوف وبشار من الأراضي المغربية وضمها إلى الأراضي الجزائرية، في حين طالب المغرب باسترجاع المنطقتين بعد استقلاله عام 1956. ولم تلتفت باريس إلى المطالب المغربية، وبادرت عام 1957 بإقرار منظومة إدارية جديدة للصحراء، واقترحت على المغرب بدء مفاوضات لحل الإشكال الحدودي.
لكن الملك محمد الخامس، رفض العرض الفرنسي، مؤكدا أن المشكل الحدودي سيحل مع السلطات الجزائرية بعد استقلال الجزائر عن فرنسا.
ووقعت الرباط يوم 6 يوليوز1961 اتفاقا مع فرحات عباس، رئيس الحكومة المؤقتة للجمهورية الجزائرية، يعترف بوجود مشكل حدودي بين البلدين، وينص على ضرورة بدء المفاوضات لحله مباشرة عند استقلال الجزائر.
وكانت فرنسا تريد من وراء مقترحها وقف دعم المغرب المستمر للثورة الجزائرية، حيث كان يستضيف قادة الثورة وخاصة بمدينة وجدة شرق البلاد، كما كانت الرباط توفر إمدادات السلاح للثوار، وهو ما كان يقض مضجع الاحتلال الفرنسي.
ما أدى إلى اندلاع الحرب اندلعت بين المغرب والجزائر عام 1963 بسبب المشاكل الحدودية، التي استمرت لأيام معدودة وانتهت بوساطة الجامعة العربية ومنظمة الوحدة الأفريقية، ولكنها خلّفت توترا مزمنا في العلاقات المغربية الجزائرية.