بالرغم من تصريح قيادات حركة التوحيد والإصلاح عن ضرورة الفصل بين الحركة وحزب العدالة والتنمية إلا أن النقاش الداخلي للحركة الذي سبق جمعها العام الوطني الأخير يكشف عن عدم صحة هذه "الإدعاءات"، وما يؤكد ذلك هو رفض أغلب قياداتها للوثيقة التي تقدم بها مصطفى الخلفي، داخل الحركة، مؤكداً فيها على ضرورة الفصل التام بين الحركة والحزب، حتى على المستوى البشري، والتي تم رفضها من قبل قيادات التوحيد والإصلاح. وكشفت "أخبار اليوم" عن تفاصيل النقاش الداخلي الذي شهدته الحركة قبل جمعها الوطني الذي انتخب فيه عبد الرحيم الشيخي رئيساً لها، حيث أن مصطفى الخلفي عضو مكتبها التنفيذي سابقاً وعضو الأمانة العامة لحزب العدالة والتنمية، والوزير في حكومة العثماني، تقدم بوثيقة من أهم ماجاء فيها "الفصل التام بين الحركة والحزب"، ليس في الهيئات التنفيذية وحسب بل يمتد ذلك إلى القاعدة البشرية، وإقرار التنافي في الجمع بين عضوية الحركة والحزب. وقد تم رفض ورقة الخلفي من قبل أغلب أعضاء قيادة الحركة وأبرزهم الشيخي نفسه، متشبثاً بخيار التمايز بين الحركة والحزب إلى أقصى مدى، وهو الطرح الذي أقره المكتب التنفيذي للحركة والقاضي بعدم الجمع بين عضوية الهيئة التنفيذية للحركة والعضوية في الهيئة التنفيذية للحزب فقط، حيت تم اعتماده في انتخاب المكتب التنفيذي الأخير للحركة، والذي لم يتضمن عضوية أي من قيادي الأمانة العامة ل"البيجيدي".