قدم شنودة الثالث، بطريرك النصارى الأرثوذكس بمصر، أسفه الشديد واعتذاره عن أي جرح لشعور المسلمين، بسبب الإساءات التي قالها الأنبا بيشوي مساعده والرجل الثاني بالكنيسة ضد المسلمين والقرآن الكريم قبل أيام. وقال شنودة الثالث خلال لقاء رسمي بالتليفزيون المصري: "أنا آسف جدًّا لأن يحدث جرح لشعور إخواننا المسلمين، نحن مستعدون لترضيتهم بأي طريقة لأن علاقتنا مع المسلمين علاقة طيبة وقوية". وأكّد شنودة، أنّه يعتبر الحوار حول الأمور العقائدية خطًا أحمر لا يجوز تجاوزه؛ تعليقًا على تصريحات سابقة أدلى بها بيشوي ونشرتها الصحف تطاول فيها على القرآن الكريم. وشكّك شنودة في صحة تصريحات الأنبا بيشوي للصحف، وقال: "أنا أشك فيها، ليس كل ما ينشر في الصحف نصدقه، وربما كانت كلمة بغير قصد"، وتابع: "نحن في أرض يملكها الله، ونحن ضيوف على الله في أرضه". وكان بيشوي قال في تصريحات صحفية سابقة: إنّ المسلمين ضيوف على النصارى بمصر، كما تطاول على القرآن الكريم، وهو ما أثار ردود فعل غاضبة من المصريين، خاصة أن عدد النصارى بمصر لا يزيد بحسب إحصاءات أمريكية عن 5% من عدد المصريين، هذا غير أنهم ينقسمون لعدة طوائف وملل. وقال شنودة: "بيشوي شخص ذكي، والمفروض أن يراعي رد الفعل لأي كلمة يقولها، وإثارة مثل هذا الموضوع أمر غير لائق، وأتمنى أن تكون تصريحاته كتبت بطريقة صحفية ليست مضبوطة"، وأضاف: "هذه التصريحات غريبة على لغة بيشوي، فهو اعتاد الدفاع عن الجو الإسلامي والقضية الفلسطينية". وانتقد شنودة الثالث تصريحات بيشوي في مؤتمر تثبيت العقيدة، حول بعض آيات القرآن الكريم، قائلاً: "مش أصول أن نتدخل في مفهومها (الآيات)، ليس من الأصول الدخول في الخلافات الدينية والحوار الديني يكون في المساحات المشتركة، ومن أجل خير البلد". وأكّد أنه لم يلتق بيشوي منذ حوالي 5 أو 6 أيام، ولم يتطرق معه إلى موضوع التصريحات لأنّه لم يكن يعلم به، وقال: "لو كنت أعرف كنت أخليهم يوقفوها من الأول". وحول الانتقادات التي وجهها الدكتور محمد سليم العوا للكنيسة، رغم أنّه كان أحد المشاركين في مؤتمرات حوار الأديان، قال شنودة نافيًا: "لم يحدث أنه أقام حوارًا معنا في يوم من الأيام". وكان العوا قد انتقد الكنيسة في حوار تلفزيوني متسائلا عن شحنات أسلحة تأتي عبر البحر من الكيان الإسرائيلي تحت رعاية أحد رجال الكنيسة.
