Lundi 2 juin, la chancelière et son allié historique du parti catholique bavarois ont annoncé un accord de restriction de la politique migratoire de l'Allemagne. Cependant, le troisième parti de la coalition, les sociaux-démocrates, restent réticents quant à cet accord prévoyant l'instauration de centres de transit à la frontière avec l'Autriche. Deux semaines d'incertitude pour le gouvernement de la femme forte allemande ont suffi pour fragiliser son alliance avec la CSU, parti bavarois de droite dirigé par Horst Seehofer. Ce dernier, nommé ministre de l'Intérieur par Angela Merkel, s'est opposé à sa politique «généreuse» au profit des réfugiés de guerre mise en place en 2015. En effet, il avait évoqué sa démission le 1er juillet dernier en raison de son désaccord avec le parti chrétien démocrate CDU. Cette menace aurait pu mettre fin à l'autorité de la chancelière. Au terme d'une réunion tant attendue qui aurait duré quatre heures, un compromis a été conclu entre la CDU et la CSU pour durcir la politique migratoire engagée par Angela Merkel. L'entente s'est axée sur la mise en place de «centres de transit» permettant d'accueillir les demandeurs d'asile arrivant en Allemagne mais enregistrés auparavant dans un autre pays de l'UE. Les migrants seront alors renvoyés vers le pays d'entrée. En raison de l'important afflux en provenance d'Autriche, ces centres seront situés à la frontière austro-allemande. Par ailleurs, le SPD, parti des sociaux-démocrates, s'est déjà opposé à la proposition de centres de transit pour les migrants en 2015, exprimant son refus «de prisons à ciel ouvert» à la frontière. Suite à ce nouvel accord, la présidente du SPD, Andrea Nahles, estime que son parti doit l'examiner en détail avant de se prononcer. En cas de rejet, les efforts d'Angela Merkel pour sauver son «autorité» seraient vains. Aujourd'hui, la chancelière voit sa coalition gouvernementale plus affaiblie que jamais, que ce soit suite aux péripéties avec son ministre de l'Intérieur de ces dernières semaines, ou face à la réticence du SPD concernant l'internement des réfugiés.