Dans le but d'accroître sa sécurité, WhatsApp propose dorénavant à ses utilisateurs les technologies Face ID et Touch ID de l'iPhone soit l'empreinte digitale et la reconnaissance faciale. L'application de Facebook permet désormais d'être utilisée avec les capteurs biométriques Touch ID et Face ID de l'iPhone, une fonctionnalité disponible avec la dernière version (2.19.20) de l'application. WhatsApp fais des efforts dans ce sens depuis plusieurs mois maintenant. En plus d'une authentification à double facteur, la messagerie peut être verrouillée/déverrouillée via les capteurs « made in Apple », ce qui empêche (autant que possible) une personne mal intentionnée de déverrouiller l'application sans l'approbation de son propriétaire. Pour rappel, WhatsApp avait déjà mis en place un système de chiffrement des conversations de bout en bout, afin d'éviter (autant que possible là encore) l'interception de données. Ce même système arrivera bientôt dans les autres applications du groupe Facebook, telles qu'Instagram et Messenger. Pour activer cette nouvelle fonction de l'iPhone dans WhatsApp, il faut appuyer sur Réglages Compte Confidentialité Verrouillage écran, puis d'activer Touch ID ou Face ID. À savoir qu'est mise à disposition une option permettant de choisir la durée au bout de laquelle Touch ID ou Face ID s'enclenchera après la fermeture de WhatsApp (1, 15 ou 60 minutes). Il sera dès à présent possible de sécuriser sa messagerie sur iPhone 5s et ultérieur, tournant sous iOS 9 et supérieur.