أعطاب ومعدات غير مشغلة وأعلى نسبة العدوى في العالم لا يتوفر مستشفى ابن سينا على شرط السلامة ولا على المعايير الهندسية والمعمارية الواجب احترامها من أجل خلق مركب جراحي، هذا ما سجله تقرير المجلس الأعلى للحسابات، مضيفا أن"هذه المركبات لا تخضع لأية مراقبة من طرف الإدارة، كالمركب الجراحي الموجود بمصلحة جراحة القلب والشرايين". وهذه المصلحة "تسير مركبها الجراحي بصفة مستقلة عن إدارة المستشفى، حيث تؤمن احتياجاتها لإجراء العمليات الجراحية بطرقها الخاصة، حيث تلزم المرضى باقتناء الآلات الضرورية لإجراء العمليات الجراحية من طرف ممون خاص تربطه علاقة خاصة مع رئيس المصلحة"، كما أن هذه المصلحة لا تصرح للإدارة بالهبات المحصل عليها.
إصابات المستشفى قدم التقرير أرقاما صادمة عن نسبة إصابات المستشفى، والتي تعادل 17.8 في المائة، وتعد هذه النسبة أعلى نسبة إصابات في العالم. وهذه النسبة ترتفع إلى 50 في المائة في مصالح الإنعاش، وبالتالي فإن مريضا من بين 5 مرضى يصاب بعدوى المستشفى، وأن مريضا من بين مريضين اثنين يصاب بعدوى المستشفى على مستوى مصالح الإنعاش. وكنتيجة لهذه الوضعية، عرفت بعض المصالح الاستشفائية ارتفاعا مهولا في عدد الوفيات، مثل مصلحة الطب حرف "س" التي انتقل عدد الوفيات فيها من 4 حالات سنة 2008 إلى 17 حالة سنة 2009، أي بزيادة في عدد الوفيات بنسبة 325 في المائة بهذه المصلحة، وكذلك مصلحة الإنعاش الطبي، التي ارتفع فيها معدل الوفيات بنسبة 26.7 في المائة خلال الفترة الممتدة ما بين 2006و2009. وفيما يخص السكن الوظيفي التابع للمركز، سجل التقرير أن 12 مسكنا من بين 63 سكنا وظيفيا، من بينهم سكن بني بدون رخصة، احتل بصفة غير قانونية من طرف أشخاص لا تتوفر فيهم شروط السكن الوظيفي، وأن 11 مسكنا شاغرا هي التي تم تخصيصها للفئة التي لها الحق في السكن، كما أن جميع المساكن الوظيفية والمحلات المخصصة للتجارة تستفيد من مجانية الماء والكهرباء بدون وجه حق، ولم يسبق للمركز أن قام بأي دراسة لتقييم هذه التكلفة. وبالمركز معدات غير مشغلة، حيث إن جهاز التنظير الداخلي مثلا، والذي تم اقتناؤه بمبلغ 2.367.800.00 درهم، لم يتم تشغيله، فيما تعاني مصالح الكشف بالأشعة من مشكل نفاذ مخزون الأفلام ومواد التباين، بحيث دامت مدة نفاذ المخزون في سنة 2009 خمسة أشهر، فضلا عن طول مدة الأعطاب، فقد بقي أحد الأجهزة بدون تشغيل لمدة 12 شهرا.