أصله من مدينة طرابلس في لبنان، أما فرع أسرة الرافعي في مصر فقد أسسه الشيخ محمد الطاهر الرافعي الذي وفد إلى مصر سنة 1827 ليتولى قضاء المذهب الحنفي، وتتابع نزوح آل الرافعي بعد ذلك. يقول محمد سعيد العريان في كتابه «حياة الرافعي» إن القضاء الشرعي كان العمل الرئيسي لرجال أسرة الرافعي، حتى وصل الأمر بوصول نحو أربعين قاضياً من آل الرافعي في مختلف المحاكم الشرعية المصرية، وأوشكت وظائف القضاء والفتوى أن تكون حكراً عليهم، وأثبت اللورد كرومر هذه الملاحظة في تقاريره. أما مصطفى فقد ولد في أول يناير سنة 1880 في بيت جده لأمه في قرية بهتيم، فيما عاش حياته في طنطا وحصل على الابتدائية، ثم أصيب بمرض أقعده في سريره لشهور، وخرج من هذا المرض مصاباً في أذنيه، وظل المرض يزيد عليه حتى فقد سمعه. لم يحصل الرافعي في تعليمه النظامي سوى على الشهادة الابتدائية، غير أن هذا القدر من التعليم وإصابته بالصمم لم يفتا في عزمه وأخذ نفسه بالجد وعلم نفسه بنفسه، حتى استطاع أن يكتسب ثقافة رفيعة وضعته في الصف الأول من أدباء عصره ومفكريه، عمل في عام 1899 ككاتب محكمة في محكمة طنطا الشرعية، ثم إلى المحكمة الأهلية، وبقى فيها حتى توفى. لم يستمر الرافعي في كتابة الشعر حيث انصرف إلى الكتابة النثرية وانخرط في مجال الدراسات الأدبية وأهمها كان كتابه عن «تاريخ آداب اللغة العربية» وهو كتاب بالغ القيمة، ولعله كان أول كتاب في موضوعه يظهر في العصر الحديث لأنه ظهر في أوائل القرن العشرين وبالتحديد سنة 1911. ثم كتب الرافعي بعد ذلك كتابه المشهور «تحت راية القرآن» وفيه يتحدث عن إعجاز القرآن، ويرد على آراء الدكتور طه حسين في كتابه المعروف باسم «الشعر الجاهلي». كما كتب المقال الذي أخلص له في الجزء الأخير من حياته وأبدع فيه إبداعاً عجيباً، وهذه المقالات التي جمعها الرافعي في كتابه «وحى القلم». وفى يوم الاثنين في فجر العاشر من مايو 1937، وبعد أن أدى صلاة الفجر وجلس لقراءة القرآن، شعر بألم في معدته، فتناول الدواء وعاد إلى مصلاه ثم نهض وسار، فلما كان في الردهة سقط على الأرض وصعدت روحه إلى بارئها ودفن في طنطا.