أصبح الجراح المصري أيمن الظواهري زعيما للقاعدة خلفا لأسامة بن لادن بعد أن كان لسنوات منظر التنظيم وعقله المدبر، حسبما أفادت مواقع جهادية. ولد أيمن الظواهري في مصر في يونيو 1951 في عائلة مصرية ميسورة، وقد ترأس تنظيم الجهاد المحظور في مصر قبل أن ينتقل إلى السعودية ثم إلى باكستانوأفغانستان حيث التحق ببن لادن. وكان الظواهري تعهد في شريط فيديو مصور نشر في السادس من يونيو بمتابعة "الجهاد" ضد الغرب على خطى أسامة بن لادن. وقال في التسجيل الذي ظهر فيه مع رشاش إلى جانبه "سيبقى الشيخ أسامة بن لادن بإذن الله رعبا وخوفا وفزعا يطارد أمريكا وإسرائيل وحلفائهما الصليبيين ووكلائهما الفاسدين". وقتل بن لادن في 2 ماي في عملية كوماندوس أمريكية قرب إسلام أباد. ويوجه الظواهري بصورة منتظمة رسائل صوتية ومصورة، إلا أنه شوهد للمرة الأخيرة على الحدود بين أفغانستانوباكستان في أكتوبر 2001. وكان الظواهري أيضا الطبيب الشخصي لبن لادن ويعد ذراعه اليمنى وقد ظهر إلى جانبه في عدة تسجيلات مرئية بثت منذ اعتداءات الحادي عشر من سبتمبر 2001 كما اصدر الأنتربول مذكرة توقيف في حقه. وقد رصدت الخارجية الأمريكية مكافأة مالية قدرها 25 مليون دولار لأي شخص يدلي بمعلومات تؤدي إلى اعتقاله. وكان الظواهري ينشط منذ سنوات شبابه الأولى في صفوف الإسلاميين المصريين. ونال شهادة في الطب من جامعة القاهرة عام 1974 قبل أن ينضم إلى منظمة "الجهاد" المتطرفة التي أصبح زعيمها في ما بعد وقد أمضى ثلاث سنوات في السجن بتهمة الضلوع في اغتيال الرئيس المصري أنور السادات عام 1981 الذي اتهمت منظمة "الجهاد" بالضلوع فيه. وشنت منظمة "الجهاد" بعد ذلك سلسلة من الاعتداءات في مصر في العام 1992 وقد حكم على الظواهري عام 1999 بالإعدام غيابيا. وبحسب المحامي المصري الإسلامي منتصر الزيات الذي عرف الظواهري جيدا، فقد زار الظواهري أفغانستان للمرة الأولى العام 1979 ومن ثم عام 1980 لمعالجة جرحى المعارك بين المجاهدين والقوات السوفياتية والتقى هناك بالفلسطيني عبدالله عزام الأب الروحي "للأفغان العرب". وغادر الظواهري مصر نهائيا في منتصف الثمانيات ويرجح أن يكون مكث مؤقتا في السعودية والسودان والولايات المتحدة قبل أن يستقر في أفغانستان. وأسس الظواهري مع بن لادن في بيشاور (باكستان) "جبهة تحرير المقدسات الإسلامية" في فبراير 1998. والظواهري شخص يتمتع بشخصية قوية ولا تخلو طباعه من الحس الشاعري بحسب الذين عرفوه. كان والده طبيبا مرموقا وجده لجهة والده كان إمام الأزهر أما جده لجهة والدته فكان سفيرا وأحد أقربائه هو عزام باشا أول أمين عام لجامعة الدول العربية. وتوفيت زوجته المصرية وابنه على الأرجح في القصف الأمريكي على أفغانستان في سبتمبر 2001. ويقول الصحافي والمحلل الباكستاني حميد مير، الذي التقى الظواهري مرتين، إنه تزوج مرة ثانية وان زوجته أنجبت طفلة في 2005.