برزت على سطح العلاقات السودانية المصرية، حالة توتر جديدة، بدأت بعد اعتقال الأخيرة لمواطنين سوادنيين، وما صاحب ذلك من حملة إعلامية مصرية ضد الخرطوم، وكانت أخر تجليات ذلك التوتر، تأجيل اجتماع كان مقرر يوم السبت 21 نونبر 2015 في العاصمة السودانية الخرطوم، حول سد "النهضة" الأثيوبي. وانتقدت الخرطوم طريقة تعامل أجهزة الأمن المصرية مع المواطنين السودانيين، ووصفتها بأنها "قاسية"، وذلك بعد مقتل 15 سودانيا، قيل إنهم كانوا يحاولون التسلل إلى فلسطينالمحتلة. و حذر نائب السفير السوداني في القاهرة رشاد فراج الطيب من أن "ما يجرى سيضر بعلاقات البلدين"، وسبق أن قدمت السفارة السودانية بالقاهرة مذكرة لوزارة الخارجية المصرية يوم 12 نوفمبر الجاري، تعتبر "إن ما يحدث أمر غير مقبول بالنظر للعلاقات التي تربط البلدين والاتفاقيات المبرمة بينهما خاصة اتفاقيات الحريات الأربع"، ما دعا سامح شكري وزير خارجية مصر للتصريح إنه "لا تمييز تجاه السودانيين بمصر". وقالت شخصيات سودانية ل "قدس برس"، إن هناك غضب في الخرطوم من استهداف مواطنين سودانيين من قبل الأمن المصري، وحملات التفتيش والاحتجاز في القاهرة، فضلا عن شن الاعلام المصري حملة ضد الخرطوم، واتهامها بالتواطؤ مع أثيوبيا في مشروع سد النهضة لتعطيش مصر. وكان من المقرر أن تستضيف الخرطوم اليوم السبت، اجتماعا لوزراء الخارجية والري بكل من مصر والسودان وإثيوبيا، بهدف التوصل إلى توافق حول النقاط العالقة بشأن مسار الدراسات الخاصة بسد النهضة الإثيوبي، وضمانات تنفيذ إعلان المبادئ الثلاثي الموقع من رؤساء الدول الثلاث، في 26 مارس الماضي، بالخرطوم. ولكن مصادر دبلوماسية مصرية أعربت عن اعتقادها ل "قدس برس" إن إعلان وزير الموارد المائية والكهرباء السوداني، السفير معتز موسى، القيام بزيارة خارجية للبرازيل في موعد اجتماع سد النهضة العاشر "كان متعمداً لتعطيل الاجتماعات"، في ظل الخلافات الدائرة حاليا بسبب الاتهامات السودانية لمصر بتعرض مواطنيهم للتعذيب في القاهرة، فيما قال دبلوماسيون سودانيون أن التأجيل جاء بطلب اثيوبي لا سوداني، دون أن ينكروا توتر العلاقات.