أكد الرئيس المصري محمد مرسي في أول رد فعل على الانقلاب العسكري الذي نفذه الفريق عبد الفتاح السيسي، تشبثه بالشرعية، وأن الإجراءات التي أعلنتها قيادة الجيش تمثل انقلاباً عسكريا مكتمل الأركان، وهو مرفوض جملة و تفصيلا، معلنا أنه الرئيس الشرعي المنتخب، وذلك من خلال بيان مقتضب نشره على صفحته الرسمية على شبكة التواصل الاجتماعي الفيسبوك، وأنه "بصفته رئيسا للجمهورية والقائد الأعلى للقوات المسلحة يشدد على جميع المواطنين مدنيين و عسكريين : قادة و جنودا الإلتزام بالدستور و القانون و عدم الإستجابة لهذا الإنقلاب الذي يعيد مصر إلى الوراء و الحفاظ على سلمية الأداء و تجنب التورط في دماء أبناء الوطن". كما ظهر الرئيس المصري بعد ذلك في شريط مسجل بثته قناة الجزيرة، أكد فيه أنه متمسك بالشرعية الانتخابية والديمقراطية، وأنه يرفض رفضا قاطعا الإجراءات التي أعلن عنها الفريق السيسي، ومن ثم طالب الشعب المصري بالحفاظ على شرعية الانتخابات التي شهد لها الجميع بنزاهتها وديمقراطيتها، وبالحفاظ على سلمية الاحتجاجات وتجنب إراقة الدماء.